Le 'Domande senza risposta in biologia' di Harold Hillman

47 Domande senza risposta in biologia... Pubblicate per la prima volta da Rae West nel 1996 (su cellbiol e altri gruppi Usenet) come un dibattito online sui fondamenti della biologia, queste domande, progettate per evidenziare gli errori della biologia post-1945, rimangono senza risposta. Alcune delle evasioni sono piuttosto divertenti; vedi per esempio le e-mail di Azpiroz e Brookes. Che la verità prevalga!
Harold Hillman, biologist... scambi di e-mail con i biologi. (Hillman evidenziato in verde).
Ricardo Azpiroz, Università dell'Arizona | Chris Barry, Lawrence Livermore | Beverley Barton, Istituto di ricerca Schering-Plough | Paul S Brookes, Università di Cambridge | Tom Chappell, University College, Londra | Alex Dain?, UW Australia | Richard Delorme , Università di Lione | Greg Fraley, Washington | Richard van Frank, [non noto] | Peter French, Sydney. | Warren Gallin, Alberta | Brad Harris, Utah | Richard Kondo, UCLA | Cornelius Krasel, Würzburg (LONG!) | John Joseph Ladasky, Berkeley | Kevin McKenna, Northwestern University, Il. | Ian Musgrave, Monash, Australia | Paul Page, UWLAX? | Anthony J Pelletier, Scripps Research Institute
Note: Queste e-mail sono tutte inedite e complete a parte alcuni punti molto banali, ad esempio dove il mio nome o la mia e-mail hanno causato confusione. I riferimenti di numerazione possono essere leggermente sbagliati, in quanto la lista originale di 48 domande è stata trovata per avere un duplicato. Mi scuso per il tempo impiegato per metterli sul web. Spero che la disposizione sia la più chiara possibile; per evitare ripetizioni infinite ho postato ogni altra email, evidenziando in verde le ultime aggiunte di Harold.
© presumibilmente Harold Hillman e altri. Rae West 18 aprile 2000. | Big Lies Home Page | Quanto la biologia moderna è una frode?

47 DOMANDE SENZA RISPOSTA IN BIOLOGIA. 27 maggio 1996. Giugno/luglio 1996

Il dottor Harold Hillman scrive:-
L'unica vera garanzia del progresso della conoscenza è che gli accademici siano pronti ad entrare in un dialogo illimitato sulle loro ricerche e teorie, specialmente su quelle che hanno pubblicato. Un accademico che non è disposto a discutere o a corrispondere con altre parti interessate si sta comportando in modo improprio, e tale condotta non dovrebbe essere tollerata dalla comunità accademica. Alcuni colleghi sembrano pensare che se ignorano le domande scomode sulle loro discipline, o sono ostili a coloro che le pongono, le contraddizioni o le anomalie nel loro lavoro si risolveranno in qualche modo e la loro ricerca potrà progredire. Al contrario, un tale atteggiamento inibisce l'esame degli aspetti fondamentali delle loro discipline, e quindi ritarda un progresso sostanziale.
Le seguenti domande non hanno mai avuto una risposta soddisfacente, molte di esse non hanno mai avuto una risposta.
[Torna all'inizio]
Domanda 1: Si può ottenere una frazione arricchita di un organello subcellulare o di un tipo di cellula?
Domanda 2: Come si fa a sapere che la procedura dirompente non cambia la biochimica della frazione in modo significativo?
Domanda 3: Perché si suppone che l'omogeneizzazione e la centrifugazione non cambino l'entropia, e quindi l'energia libera e gli equilibri delle reazioni nelle particelle subcellulari? Perché non si fanno sempre controlli per il frazionamento subcellulare, tranne che per i recuperi totali rispetto agli omogenati grezzi?
Domanda 4: Perché si crede che ogni via o ciclo biochimico abbia un proprio compartimento strutturale, quando i procarioti possono effettuare praticamente tutte le stesse reazioni in un solo compartimento?
Domanda 5: La scoperta che una sostanza o attività chimica si trova nella stessa frazione subcellulare e in una struttura identificata al microscopio elettronico significa che la stessa attività chimica si trovava in quel particolare organello nella cellula vivente dell'animale o della pianta intatta?
Domanda 6: Come è possibile il movimento intracellulare, e perché la viscosità del citoplasma è così bassa nella cellula intatta, se è presente un citoscheletro?
Domanda 7: Dove avvengono la sintesi proteica e l'idrolisi acida nelle cellule in cui non si vedono ribosomi e lisosomi?
Domanda 8: Qual è la prova che la frazione microsomiale consiste in membrane cellulari e reticolo endoplasmatico?
Domanda 9: Perché si presume che l'omogeneizzazione e la centrifugazione non influenzino la chimica dei recettori, o le loro affinità per trasmettitori, ormoni, farmaci, ligandi, tossine?
Domanda 10: Una particella e un vacuolo possono essere entrambi lisosomi?
Domanda 11: Si possono calibrare le sostanze provenienti dai tessuti usando soluzioni pure in saline semplici di circa le stesse concentrazioni?
Domanda 12: Come si possono studiare le membrane al microscopio elettronico, quando si crede che contengano lipidi che il procedimento estrae?
Domanda 13: Qual è la prova reale che il congelamento rapido per la microscopia elettronica causa meno restringimento e distorsione di tessuti, cellule e organelli, rispetto alla microscopia elettronica a trasmissione classica?
Domanda 14: Perché coloro che calcolano le dimensioni dalle micrografie elettroniche non tengono conto del restringimento durante la preparazione e l'esame delle loro sezioni, cellule e organelli?
Domanda 15: Le membrane nelle cellule sembrano essere normali al piano della sezione più spesso di quanto la geometria solida permetterebbe?
Domanda 16: Si può conoscere lo spessore in vita di qualsiasi membrana biologica?
Domanda 17: Perché dovrebbe essere necessario inclinare il palcoscenico del microscopio elettronico per vedere membrane orientate in modo casuale in tutti gli orientamenti, quando questo non è necessario con il microscopio ottico?
Domanda 18: Come possono i vettori aiutare il passaggio di ioni, aminoacidi, ecc. attraverso la membrana, quando la combinazione deve essere più grande della sostanza trasportata?
Domanda 19: Perché sono stati isolati pochi o nessun trasportatore?
Domanda 20: Cos'è il trasporto?
Domanda 21: Perché i recettori e i canali, che sono stati caratterizzati, sequenziati e le loro dimensioni misurate o calcolate, non si vedono sulle membrane al microscopio elettronico a trasmissione?
Domanda 22: Un microscopista elettronico che osserva un deposito di metallo su una struttura biologica può ricavare qualche informazione sulla sua chimica?
Domanda 23: Perché le lamelle della guaina mielinica appaiono a distanze uguali, indipendentemente dallo spessore o dalla profondità della sezione longitudinale tagliata?
Domanda 24: La distanza di ripetizione delle lamelle nella guaina mielinica è sufficiente per considerarla un buon modello della membrana cellulare?
Domanda 25: Poiché si ritiene che la guaina mielinica sia costituita da un rotolo di membrane, e le membrane appaiono più scure al microscopio ottico del citoplasma, perché la guaina mielinica non appare più scura dell'assoplasma?
Domanda 26: Perché si presume che i recettori per trasmettitori, ormoni, messaggeri, anticorpi, farmaci e tossine siano sulla superficie della membrana cellulare?
Domanda 27: Quanto è valido l'uso di agonisti, antagonisti e ligandi per rilevare i recettori, invece dei trasmettitori, ormoni, antigeni, farmaci e tossine stessi?
Domanda 28: Perché le dimensioni e il numero delle sinapsi sono diversi in microscopia ottica e elettronica?
Domanda 29: Perché in letteratura non ci sono micrografie di luce che mostrano la connessione di un corpo cellulare da una fibra dendritica presinaptica a una sinapsi su un altro corpo cellulare?
Domanda 30: La teoria chimica della trasmissione sinaptica contiene ipotesi indimostrabili e non dimostrate?
Domanda 31: Perché si presume che le prove derivate dagli esperimenti sulle giunzioni neuromuscolari siano rilevanti per la trasmissione nel sistema nervoso centrale?
Domanda 32: Se i pori nucleari permettono il passaggio dell'RNA, come fanno a impedire che molecole più piccole e ioni passino nello stesso momento, e perché c'è una differenza di potenziale attraverso la membrana nucleare?
Domanda 33: Qual è la prova che ogni cellula di una particolare pianta o animale contiene la stessa quantità di DNA?
Domanda 34: Se la membrana cellulare è meccanicamente fluida, come possono le cellule mantenere la loro integrità?
Domanda 35: Nell'immunocitochimica, si presume che i fissativi, i reagenti disidratanti, i lavaggi e gli anticorpi primari e secondari, non cambino la reazione dell'anticorpo all'antigene che si crede si trovi in una particolare cellula o parte di essa?
Domanda 36: È ragionevole credere che processi o dendriti contengano antigeni diversi dai corpi cellulari da cui nascono?
Domanda 37: In quali condizioni le colture di tessuto possono essere utilizzate per lo studio dei tessuti da cui hanno avuto origine?
Domanda 38: È lecito supporre che la crescita dei tessuti in coltura non cambi la loro morfologia, biochimica o immuno-reattività?
Domanda 39: L'uso del termine neuroglia non implica che gli autori non possono distinguere tra astrociti, oligodendrociti e microglia?
Domanda 40: Perché i singoli tipi di cellule neurogliali si vedono così raramente al microscopio ottico di sistemi nervosi centrali sani?
Domanda 41: Dal momento che questi ultimi tre presunti tipi di cellule sono stati descritti dalle tecniche istologiche classiche durante la prima metà del ventesimo secolo, questo non implica che chiunque usi anticorpi per marcarli in modo specifico deve prima identificarli con questi criteri?
Domanda 42: Perché non c'è un accordo comune sulle procedure di colorazione che dovrebbero identificare istologicamente gli astrociti, gli oligodendrociti e la microglia?
Domanda 43: Perché è necessario utilizzare colture di tessuti dei presunti tipi di cellule per identificarli e i loro marcatori?
Domanda 44: Se ogni cellula di un organismo contiene lo stesso DNA, ma alcune producono proteine diverse, l'esistenza di geni soppressori è l'unica spiegazione possibile per la differenza delle proteine?
Domanda 45: Nelle malattie ritenute auto-immuni, sia organo-specifiche che tessuto-specifiche, perché il corpo non rigetta l'organo o il tessuto specifico, come rigetta i cuori trapiantati incompatibili, o il sangue del gruppo sbagliato, rendendo spesso i pazienti malati, o addirittura uccidendoli?
Domanda 46: Perché si usano proteine pure per la calibrazione, quando diversi tessuti contengono diverse miscele di proteine, che hanno diverse curve di calibrazione?
Domanda 47: Perché le sinapsi viste al microscopio elettronico appaiono molto più piccole di quelle viste al microscopio ottico?
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Queste domande sono state sollevate in pubblicazioni precedenti, e ci sono state poche risposte serie ad esse. Sento quindi il dovere di metterle su Internet, per stimolare i colleghi, soprattutto quelli giovani, ad affrontarle seriamente, o a spiegare perché non sono disposti a farlo. Se, come sospetto, ci saranno poche o nessuna risposta a queste giuste domande, esse rimarranno per le generazioni future per dimostrare la loro integrità affrontandole, e forse, di conseguenza, per cambiare le loro opinioni. Ognuna di queste domande può essere citata e/o usata nelle domande d'esame, preferibilmente con il riconoscimento della loro fonte. Risponderò a tutta la corrispondenza finché sarò fisicamente in grado di farlo.
Unità Laboratorio di Neurobiologia Applicata,
76 Epsom Road,
GUILDFORD
Surrey
GU1 2BX
REGNO UNITO.
Fax: UK 1483 31110
Telefono: UK 1483 568332
Hillman, H. *Certainty and Uncertainty in Biochemical Techniques* (1972), Surrey University Press, Henley-on-Thames, U.K.
Hillman, H. & Sartory, P. *The Living Cell* (1980), Packard Publishing, Chichester.
Hillman, H. *The Cellular Structure of the Mammalian Nervous System* (1986), MTP Press, Lancaster.
Hillman, H. *The Case for New Paradigms in Cell Biology and Neurobiology* (1991), Mellen Press, Lampeter.
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RISPOSTA1 di Harold inviata ai gruppi Usenet cellbiol & neuroscience
1. La scortesia, le supposizioni di ignoranza e le osservazioni emotive non sostituiscono l'argomentazione misurata e le prove. Ognuna di queste domande evidenzia una contraddizione *all'interno* delle opinioni correnti; per esempio, (a) tutti sono d'accordo che i movimenti intracellulari possono essere visti al microscopio ottico a bassa potenza nelle cellule viventi, eppure la maggior parte delle persone crede anche che ci sia un citoscheletro, che non permetterebbe tali movimenti; (b) la maggior parte delle persone crede nella Seconda Legge della Termodinamica, eppure nel frazionamento subcellulare cambiano l'entropia dei loro sistemi (omogeneizzare e centrifugare), e presumono che questo non cambi l'energia libera, che guida tutte le reazioni biochimiche che stanno studiando, e allo stesso tempo, si sono rifiutati per cinquant'anni di fare i necessari esperimenti di controllo per scoprire di quanto; (c) la maggior parte delle persone sarebbe d'accordo che le leggi della geometria solida devono essere obbedite, mentre nelle loro micrografie elettroniche - al contrario dei loro diagrammi - non vedono una selezione casuale di orientamenti, comprese le viste oblique delle membrane cellulari, delle membrane nucleari, delle lamelle mieliniche, delle sinapsi, dei pori nucleari, ecc.
2. Nelle mie pubblicazioni citate, e in circa 120 altri articoli completi, ho dimostrato, in dettaglio, con prove: (a) Che non si possono ancora trarre conclusioni dal frazionamento subcellulare sulla chimica degli organelli, che sono rilevanti per i loro stati originali negli organismi viventi intatti; (b) Che le seguenti strutture non esistono nelle cellule viventi: reticoli endoplasmatici, corpi di Golgi, lisosomi, pori nucleari, criste mitocondriali, il citoscheletro, filamenti di actina e manopole sinaptiche, sia perché non permetterebbero gli evidenti movimenti intracellulari, sia perché disobbediscono alle leggi della geometria solida. Le molecole transmembrana e i recettori non possono essere visti sulle membrane cellulari con la microscopia elettronica a trasmissione, anche se il sequenziamento mostra che sono 2-3 volte il diametro della membrana cellulare, che *può* essere visto da microscopia elettronica;
(c) Che nel sistema nervoso centrale, le uniche cellule sono neuroni e microglia; astrociti e oligodendrociti non esistono in tutto il sistema nervoso intatto dei mammiferi;
(d) L'ipotesi della trasmissione chimica contiene molte ipotesi non provate e non verificabili, ed è stata elaborata per le giunzioni neuromuscolari; è stata assunta per essere rilevante per le sinapsi - specialmente da quando quest'ultimo termine è stato esteso dal suo significato originale (connessioni nervo-nervoso) per includere le giunzioni neuromuscolari (connessioni nervo-muscolo).
3. Ho sempre proposto ipotesi alternative e testabili, non aperte alle critiche delle opinioni correnti, per esempio, come localizzare le attività biochimiche senza distruggere i tessuti, la struttura della cellula vivente, la struttura cellulare del sistema nervoso centrale, il passaggio dell'eccitabilità da un neurone all'altro, ecc.
4. Le domande fondamentali che devo porre ai citologi di Internet sono:
In base a quali criteri le domande sono improprie?
'Tutti gli accademici hanno il dovere di affrontare le difficoltà e le apparenti contraddizioni delle proprie opinioni?'
'Credono che si possa progredire senza esaminare le proprie opinioni?'
Non sarebbero d'accordo sul fatto che un buon accademico dovrebbe rispondere a tutte queste domande in modo affermativo?
5. Mi sembra assolutamente essenziale che qualsiasi progetto sperimentale elenchi il maggior numero possibile di ipotesi inerenti a:-
(a) l'uso delle procedure sperimentali;
(b) l'elaborazione dei dati grezzi nei risultati da pubblicare;
(c) l'interpretazione dei risultati alla luce delle teorie precedenti e di quelle nuove che si stanno generando.
Semplicemente non è sufficiente sostenere il proprio caso con i risultati di altre persone senza esaminare la validità dei risultati citati. Si è responsabili non solo dell'interpretazione dei propri risultati, ma anche della validità degli esperimenti o delle interpretazioni di altri autori di cui si usano i risultati per interpretare i propri risultati. La validità di un esperimento dipende dalla legittimità di *ogni* assunzione statisticamente potenzialmente significativa, sia quelle riconosciute che quelle non riconosciute o ignorate. Come una catena, la sua forza complessiva dipende dal suo anello più debole. La validità e il valore di un esperimento per la ricerca della verità dipendono dalla verificabilità dell'ipotesi più debole. Infatti, *qualsiasi* ipotesi sbagliata, il cui errore farebbe una differenza significativa sul risultato di un esperimento, rende l'intero esperimento non valido. Naturalmente, diventa peggio se le assunzioni sono testabili ma non sono mai state testate, o non sono testabili. Un'ipotesi non scompare solo perché i ricercatori, singolarmente o collettivamente, non la riconoscono o non vogliono farlo.
6. Desidero ripetere che sono pronto ad entrare in dialogo personale con chiunque su ognuna di queste domande, e ho trattato ciascuna di esse in *dettaglio* nelle mie pubblicazioni. Ho risposto alle risposte su Internet ricevute finora.
7. Qui stiamo parlando di integrità intellettuale, e non di promozione, domande di sovvenzione, casistica, acrobazie verbali, segnare punti, teologia o dogma - almeno, spero che sia così!

Risposta di Harold2 inviata al gruppo Usenet Cellbiol pubblicata mercoledì 26 giugno 1996
Risposta generale ai commenti di Greg Fraley e altri su 'Unanswered Questions in Biology', inviati da H Hillman.
[1] Ci sono state straordinariamente poche risposte alle 47 domande che ho posto.
[2] Invece di rispondere alle domande, la maggior parte degli intervistati mi ha accusato di ignoranza, di non conoscere la letteratura, di non essere critico nei confronti delle mie stesse opinioni, ecc; nessuno ha indicato di aver letto nessuna delle mie pubblicazioni.
Vorrei chiarire abbondantemente che nei miei libri e articoli ho risposto a lungo a tutti i punti in questione. Spero che non insegnino ai loro studenti la pratica inaccettabile di indulgere nella polemica, quando non si sono lette le prove di coloro con cui si è in disaccordo. Finora nessuno mi ha chiesto alcuna pubblicazione.
[3] Anche se tutte le mie affermazioni e conclusioni sono sbagliate, i citologi dovrebbero affrontare le 47 domande, perché sono centrali per le loro convinzioni sulla struttura cellulare. Queste domande possono essere incluse negli esami, e suggerirei che sia gli studenti universitari che quelli post-laurea dovrebbero spingere i loro insegnanti e supervisori a rispondere. La disonestà intellettuale, la casistica o l'evitamento delle domande scomode non faranno progredire la scienza.
[4] Non ho mai negato l'idea che i tessuti siano costituiti da cellule, che hanno delle membrane intorno ad esse. Tuttavia, non si è capito che una linea è un'astrazione geometrica con posizione ma senza spessore. Qualsiasi membrana reale ha due lati, e qualsiasi deposito metallico deve apparire come *due* linee per ogni membrana reale, se viene ingrandita abbastanza. Questo vale per le membrane cellulari, nucleari e mitocondriali, e per le criste.
[5] Ho fatto dei nastri VHS in formato PAL delle mie opinioni sulla struttura delle cellule e sull'anatomia cellulare del sistema nervoso dei mammiferi, che sono pronto a prestare a chiunque paghi le spese di spedizione e li restituisca. Ho tenuto conferenze su queste questioni in oltre 120 istituzioni e università in Gran Bretagna, Europa continentale, Stati Uniti, Australia e Canada, e ho risposto in dettaglio e in pubblicazione ad ogni obiezione che ho sentito alle mie opinioni.
[6] Ovunque io abbia tenuto conferenze, i citologi hanno affermato di avere micrografie elettroniche di membrane 'unitarie', reticolo endoplasmatico, corpi di Golgi, pori nucleari, microtubuli, cristae di mitocondri, lamelle mieliniche e membrane tilakoidi in una selezione casuale di orientamenti in una singola cellula.
(Non si potrebbe selezionare una cellula in cui una sezione è andata normalmente attraverso le membrane che circondano la cellula, il nucleo, i mitocondri e il reticolo endoplasmatico, perché la sezione non sa da quale direzione arriverà un coltello del microtomo).
In 24 anni, nessuno mi ha inviato una micrografia o un riferimento a qualsiasi micrografia nella letteratura, mostrando una qualsiasi delle strutture in una serie casuale di orientamenti. Le viste oblique dovrebbero essere più frequenti delle sezioni trasversali. Occasionalmente, le persone hanno attirato la mia attenzione su un minuscolo pezzo di membrana *non* apparentemente tagliato in sezione trasversale, ma questo non è sufficiente. Non ho inventato le leggi della geometria solida o della termodinamica, e non credo che si possano sfidare senza rischi.
[7] Colleghi e studenti, vi chiedo seriamente di affrontare queste giuste domande. La loro importanza è del tutto indipendente dalle vostre opinioni su di me o sul mio lavoro. Tuttavia, sottolineo che ho pubblicato risposte complete e critiche a tutte le domande.
Sarò lieto di inviare le ristampe alle parti interessate, che sono disposte ad entrare in dialogo.
Harold Hillman
Unità Laboratorio di Neurobiologia Applicata
76 Epsom Road
Guildford
Surrey
GU1 2BX
U.K.
Tel: (441) 483 568332
Fax: (441) 483 31110
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Ricardo Azpiroz
Dipartimento di Biochimica Università dell'Arizona Tucson AZ
Date: Ven, 7 Jun 1996
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#Confesso che non ho letto tutto il tuo post per affrontare i commenti piuttosto
#risposte piuttosto ruvide che hai ricevuto, ma sono d'accordo con te che le
Le #risposte emotive non aiutano il caso degli intervistati. Sono anche fuori luogo.
#Ora, mi sembra che lei non sia un biologo di formazione. Non perché
#non credi alla teoria cellulare attuale, ma perché è chiaro che
#non sai quanto potresti per affrontare queste domande.
#Per esempio: In microscopia elettronica, si vedono vari orientamenti di
#membrane (sezioni oblique e tangenziali). Semplicemente non si pubblicano
#loro. Non per nascondere ciò che non piace, ma perché le vere sezioni trasversali
#tendono ad essere più informative, e sono tecnicamente più esigenti, il che
#significa che è più difficile inserire un'immagine scadente. Inoltre, la presenza di un
#citoscheletro non preclude a nessuno il movimento intracellulare. Infatti,
il movimento #intracellulare RICHIEDE il citoscheletro. La mia ipotesi è che la tua
#visione di ciò che il citoscheletro è o dovrebbe essere è in contrasto con gli attuali
#modelli.
#Un punto che è difficile da spiegare è che nella scienza gli argomenti basati sul
#linguaggio non hanno assolutamente peso. Se un particolare biologo conclude
#che un citoscheletro rigido renderebbe impossibile il movimento, i suoi
#colleghi supporrebbero che la persona in questione non ha considerato
#tutti i possibili modi in cui si potrebbero avere entrambe le cose. E soprattutto,
le #prove sperimentali hanno sempre l'ultima parola. Quindi, in assenza di
#osservazioni effettive tutti gli argomenti sono solo questo. Pertanto, ciò che
#i biologi fanno quando trovano prove sia di un citoscheletro che di
#movimento intracellulare è grattarsi la testa e cercare di immaginare come questo
#potrebbe essere. Poi vanno nei loro laboratori e progettano esperimenti per testare
#le loro idee. Il comportamento standard nella scienza è che non viene data
#molta importanza fino a quando non è dimostrato corretto o sbagliato dalla sperimentazione.
#Spero di non apparire condiscendente; non so chi sei e non ho
#non ho letto le sue pubblicazioni. Spero solo di darvi il #punto di vista di uno scienziato.
#prospettiva.
#----------------------
#Ricardo Azpiroz
Ho ottime qualifiche in biologia e ho fatto ricerca per quarant'anni.
Vi sfido a mandarmi una micrografia di una qualsiasi membrana unitaria che appaia in una selezione casuale di orientamenti in una singola cellula.
Non c'è nessuna spiegazione in letteratura di come il movimento intracellulare possa avvenire tramite il citoscheletro. Sembra che lei pensi di poter essere uno scienziato e *non* leggere le pubblicazioni che presentano un caso contro le sue stesse convinzioni, per esempio Hillman e Sartory (1980) The Structure of the Living Cell, Packard Publishers, Chichester, U.K.
Harold Hillman
#Re: Domande senza risposta
#Data: Mar, 18 Jun 1996
#Da: Ricardo Azpiroz
#Molto bene, se non vuoi fare amicizia su questo, considera quanto segue:
#1) La ragione per cui non leggo Hillman è che non ho mai sentito parlare di
#lui/voi e l'opera citata. Ho letto le critiche dialettiche alla
#scienza moderna, e sono d'accordo con gran parte di esse. Quindi, ho una mente aperta.
1) Lei dovrebbe essere preparato e disposto a rispondere alle mie domande senza fare riferimento alle mie pubblicazioni. Stavo solo facendo notare che ho pubblicato delle risposte.
#2) Se ti mandassi una micrografia con quello che tu chiami orientamento casuale di un
#bilayer, lei direbbe, giustamente, che non è interpretabile; tali
#micrografie sono interpretabili solo nel contesto di sezioni seriali.
2) *Ti sfido* come ho fatto con chiunque a mandarmi una micrografia elettronica con la cellula, le membrane nucleare e mitocondriale, le criste, il reticolo endoplasmatico, le sinapsi in una selezione casuale di orientamenti. *Tu* puoi mettere delle frecce che mostrano a me e a tutti gli altri utenti di Usenet ogni orientamento in *una* micrografia. Ripeto questa sfida a qualsiasi microscopista elettronico del mondo.
#3) Leggete il trasporto assonale delle vescicole sinaptiche. Ci sono VIDEO
#che mostrano le vescicole che si muovono lungo i microfilamenti. Movimento e citoscheletro,
#proprio davanti ai vostri occhi.
3) Le vescicole sinaptiche possono essere viste solo con la microscopia elettronica di *tessuti morti* in cui i movimenti intracellulari non avvengono. Quindi il movimento delle *vescicole* non può essere visto. I bellissimi video di Sheetz non mostrano i mitocondri che vengono trascinati. I suoi microtubuli possono essere visti al microscopio ottico (con una risoluzione di 200-250 nm in condizioni *migliori*), ma i microtubuli (vedi Dustin Amos e altri) sono <25 nm e quindi non sono le stesse strutture.
Harold Hillman.
Date: Ven, 28 Jun 1996
Da: Ricardo Azpiroz <azpiroz@U.Arizona.EDU#>
cc: cellbiol@net.bio.net
A tutti: io, personalmente, sono un po' stanco di questa discussione; non sta andando da nessuna parte. Inoltre, penso che a questo punto sia il momento di uscire dal gruppo cellbiol e continuare, se lo si desidera, a livello individuale. Tutti noi che abbiamo partecipato siamo abbastanza convinti di avere ragione. Mi dispiace che non stia funzionando. Solo una nota finale per Hillman: se ricordo bene, questo thread è iniziato quando hai posto una serie di domande e hai chiesto alcune risposte. Questo è bene e buono. Tuttavia, non riesco a vedere come sembra essere diventata la NOSTRA responsabilità di affrontare i vostri problemi e soddisfare le vostre "sfide". Noi, signore/signora, non abbiamo alcun problema con i nostri punti di vista e non siamo particolarmente interessati a farvi concordare con noi. Siete voi che avete iniziato questo, ed è per questo che tutte le nostre risposte sono nel tono di "dovreste leggere questo o quello". Non aspettatevi che leggiamo le vostre pubblicazioni. Puoi chiedere, puoi offrire ristampe, ma accusarci di non leggere le tue cose è fuori luogo, e non ci metterà in buona luce.
Sono fuori da questo thread, e chiedo a tutti gli altri di seguirne l'esempio.
Ricardo Azpiroz
*VI SFIDO* COME HO FATTO CON CHIUNQUE A MANDARMI UNA MICROGRAFIA ELETTRONICA CON LA CELLULA, LE MEMBRANE NUCLEARE E MITOCONDRIALE, LE CRISTE, IL RETICOLO ENDOPLASMATICO, LE SINAPSI IN UNA SELEZIONE CASUALE DI ORIENTAMENTI. *POTETE METTERE DELLE FRECCE CHE MOSTRANO A ME E A TUTTI GLI ALTRI UTENTI DI USENET OGNI ORIENTAMENTO IN *UNA* MICROGRAFIA.
RIPETO QUESTA SFIDA A QUALSIASI MICROSCOPISTA ELETTRONICO NEL MONDO.
Harold Hillman
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Da: Chris Barry <chbarry@llnl.gov>
Organizzazione: Lawrence Livermore National Lab
Newsgroups: bionet.cellbiol, bionet.neuroscience
Subject: Re: *domande senza risposta H Hillman
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Data: Mer, 03 Luglio 1996
Ciao Harold,
Penso che tu abbia diversi buoni argomenti. Posso però darti un suggerimento. Potresti per favore postare ogni domanda in un post separato sul newsgroup. Quando pubblichi regolarmente una grande diatriba, non dai alle persone l'opportunità di affrontare da sole le domande e ti presenti come un paria di bionet.
Chris
Caro Chris,
La mia buona amica Rae West ha messo le domande in rete per me. Ho pensato che sarebbe stato più economico metterle tutte insieme. Sono un riassunto delle domande che ho sollevato nel corso di 40 anni. Ognuna di esse merita ancora una risposta, anche se i citologi vogliono ignorare la mia. Sarei interessato a sentire eventuali risposte da lei, dai suoi colleghi, dai suoi studenti.
Cordiali saluti,
Harold.
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Da: beverly barton
Date: Fri, 28 Jun 96
Organizzazione: Schering-Plough Research Institute
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#Re la tua domanda #4-- Gli archebatteri sono procarioti in cui c'è una localizzazione subcellulare dei processi biochimici. Gli eubatteri hanno una certa localizzazione subcellulare, in quanto hanno ribosomi (anche se 30
#e 50S, piuttosto che 40 e 60S subunità); i loro cicli di produzione di energia
#localizzano in una parte della membrana, e il loro materiale genetico si trova in
#DNA e materiale episomale, come i plasmidi.
Tutte le cellule hanno la capacità di sintetizzare proteine. Molte non hanno 'ribosomi' visibili o 'reticolo endoplasmatico ruvido'. Pertanto, la sintesi può avvenire *senza* ribosomi visibili.
(i) Come fai a sapere quando li vedi che sono le strutture che contengono gli enzimi necessari;
(ii) quando non li vedi, allora gli enzimi ci sono, *chiaramente* la struttura (il ribosoma) non è necessaria per la sintesi proteica.
# Inoltre, le loro #membrane formano strutture discrete simili a organelli chiamate mesosomi.
# Inoltre, in alcune specie hanno strutture simili alle ciglia (flagelli, fimbrie, ecc.) che servono sia per la locomozione che per la propagazione (nelle specie patogene).
E allora?
Oggetto: domande? Data: 7/5/96
>
In risposta alla tua domanda #35, è noto che la fissazione può cambiare l>
l'avidità di un anticorpo per un antigene----- ma questo non cambia la>
la specificità idiotipica dell'anticorpo per il suo antigene!!!!!!!!!!!!!!!
>
Una malattia autoimmune per definizione è una risposta di "rigetto" ad>
antigeni in organi o tessuti. Un organismo che potrebbe rigettare il suo>
intero repertorio antigenico di organi e tessuti non vivrebbe per
riprodursi. Al contrario, anche negli individui autoimmuni, almeno alcuni
meccanismi di autotolleranza sono mantenuti.
Caro dottor Barton,
La maggior parte degli esperimenti di immunocitochimica presuppone che la risposta antigene-anticorpo non sia *non* influenzata dagli agenti usati nella fissazione, disidratazione o montaggio. Come lei dice "Una malattia auto-immune ... è una risposta di rigetto all'antigene in organi e tessuti", quindi la mia domanda rimane, "Perché una persona con artrite reumatoide non rigetta le proprie articolazioni?" La sua nota che "anche negli individui auto-immuni, alcuni meccanismi di auto-tolleranza rimangono", ignora i fatti che (i) alcuni tessuti trapiantati apparentemente compatibili - che devono avere pochi antigeni incompatibili - sono successivamente rigettati, (ii) il sangue non abbinato deve avere solo un agglutinogeno incompatibile per essere rigettato. Quindi l'idea che molti antigeni incompatibili siano necessari per il rigetto non sembra essere il caso. Così la domanda originale rimane senza risposta.
[... Mi chiedo se posso chiedere la tua opinione su questo: .. "immunità parziale" >
o essere "parzialmente immune" fino a che punto questa espressione è solo un modo di >
dire che il meccanismo dell'immunità non è noto?]-RW
>
Interpreto "immunità parziale" nel senso che un organismo monta una parte della risposta >immunitaria, ma non l'intera panoplia. Nell'uomo questo è esemplificato dalla >somministrazione di gamma-globulina, nei giorni prima che fossero disponibili i vaccini contro il morbillo, l'epatite, ecc. Dare la gamma-globulina significava dare la risposta >immunitaria parziale, la componente anticorpale. Le persone si ammalavano, ma la loro malattia >era attenuata. Contrasto con il risultato della vaccinazione: si ottiene una risposta immunitaria completa e la gente non si ammala. Nel caso della gamma >globulina, gli anticorpi vengono somministrati passivamente, ma non c'è una >risposta delle cellule T. In molte malattie virali, tra cui il morbillo e l'epatite, la >risposta delle cellule T è la principale risposta protettiva. Quindi non sono d'accordo che il termine >significa che il meccanismo protettivo non è noto.
Lei fa molte domande che mi portano a credere che non ha una conoscenza approfondita di certi settori della chimica fisica e dell'immunologia. Potrei sbagliarmi, ma la maggior parte delle tue domande, se non tutte, hanno una risposta nei testi standard, e questo è il modo in cui le scoperte sono accettate. Per esempio, non è l'entropia che >guida una reazione al completamento, ma la diminuzione dell'energia libera di Gibbs.
L'entropia può effettivamente andare in entrambi i sensi. Vedi per esempio il capitolo di un libro di testo >come Biochimica di Albert Leninger, seconda edizione. Nel mio corso di laurea in >chimica fisica alla Johns Hopkins University, ho imparato che per determinare l'entropia di una reazione si può considerare come sistema chiuso l'intero universo, non solo la provetta. Molte persone fanno questo errore e sottolineano lo stesso apparente paradosso che fai tu. Dimostra solo che non hanno mai studiato >termodinamica all'università.
È vero che l'intero universo è un sistema chiuso, ma in termini di frazionamento subcellulare, lo è anche una provetta. Inoltre, ti chiedo se credi che una frazione subcellulare alla fine di un esperimento - per esempio un preparato mitocondriale - abbia le *stesse* attività che sono distribuite allo stesso modo in un animale intatto. Per favore, citatemi degli esperimenti che lo dimostrino o che esaminino l'effetto della procedura di preparazione su questi due parametri. Nessun controllo significa esperimenti incompiuti, non degni di essere interpretati.
Harold Hillman.
No, dottor Hillman, il sistema chiuso a cui si fa riferimento nelle leggi della termodinamica non è la provetta, ma l'universo. Se non lo accetta, troverà "violazioni" delle leggi della termodinamica ovunque.Beverly Barton
Grazie per la sua e-mail di lunedì 8 luglio. Lei fa un punto sulla termodinamica, ma non sembra aver risposto al punto di Harold sulle "malattie auto-immuni".
Auguri, Rae West.
Harold ha un punto sulle malattie autoimmuni? Gli ho già risposto a questo proposito. Non credo che abbia letto la letteratura sulle malattie autoimmuni.
Le cause sono multifattoriali, le risposte immunitarie osservate assomigliano al rigetto in alcune malattie ma non in altre. È davvero difficile parlare globalmente delle malattie autoimmuni; meglio parlare di una particolare.
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RISPOSTA A PAUL S. BROOKES psb@mole.bio.cam.ac.uk [Dipartimento di biologia molecolare, Università di Cambridge]
Re: DOMANDE NON RISPOSTE
Date: Mar, 28 maggio 1996
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#Alcune risposte ad alcune domande. Spero sinceramente che non tutte queste domande siano tue, dato che alcune di esse mostrano un'incomprensione di base della semplice biochimica.
##Questione 1: Si può ottenere una frazione arricchita di un organello subcellulare o di un tipo di cellula?
#Sì, per centrifugazione differenziale su gradienti di densità - prova "metodi in enzimologia" per cominciare.
Questo è fatto per esaminare la biochimica, quindi presuppone che la procedura NON cambi la biochimica, vedi HH (1972).
##Questione 2: Come si fa a sapere che la procedura dirompente non cambia la biochimica della frazione in modo significativo?
#Noi non lo sappiamo, supponiamo solo che non influenzi le proprietà che ci interessano, e di solito testiamo queste proprietà negli isolati per esserne sicuri.
La Seconda Legge della Termodinamica ci dice che questa assunzione *deve essere falsa*.
##Questione 4: Perché si crede che ogni percorso o ciclo biochimico abbia il proprio compartimento strutturale quando i procarioti possono effettuare virtualmente tutte le stesse reazioni in un solo compartimento?
#La compartimentazione fa parte dell'evoluzione. Rende i processi più efficienti, altrimenti saremmo ancora tutti a sguazzare nel brodo pre-biotico.
Ci sono centinaia di reazioni e solo 11 compartimenti, ma il fatto che gli eucarioti possano fare tutta la biochimica con un solo *un* compartimento dimostra che la compartimentazione non è necessaria.
##Questione 5: La scoperta che una sostanza o attività chimica si trova nella stessa frazione subcellulare e in una struttura identificata al microscopio elettronico significa che la stessa attività chimica si trovava in quel particolare organello nella cellula vivente dell'animale o della pianta intatta?
#La co-purificazione di solito significa questo, sì, ma ci sono stati alcuni clangori in passato (qualcuno una volta ha detto che l'ox-phos si trovava nella membrana esterna dei mitocondri!) - ora stiamo migliorando.
La diffusione avviene durante la morte, l'omogeneizzazione e la centrifugazione, quindi il movimento degli enzimi o dei cofattori darà posizioni false.
##Questione 6: Come è possibile il movimento intracellulare, e la viscosità citoplasmatica è bassa nella vita, se è presente un citoscheletro?
#Mai sentito parlare di filamenti di actina, MTOC e così via. Anche la diffusione attraverso una cellula è abbastanza veloce, anche in un ambiente viscoso.
Questa risposta è offensiva, e non risponde alla domanda su come i mitocondri e i granuli possano essere visti in movimento al microscopio ottico se c'è un citoscheletro.
##Questione 9: Perché si presume che l'omogeneizzazione e la centrifugazione non influenzino la chimica dei recettori, o le loro affinità per trasmettitori, ormoni, farmaci, ligandi, tossine?
#Non lo è - di solito viene testato in situ - vedi risposta alla domanda 2
Questo non è stato *mai* testato. Si prega di citare le pubblicazioni.
##Questione 11: Si possono calibrare sostanze provenienti da tessuti
## usando soluzioni pure in soluzioni saline semplici di circa le stesse concentrazioni?
#SÌ!
Le sostanze chimiche di estrazione, le altre sostanze estratte allo stesso tempo e i veicoli influenzano il colore, l'assorbimento, la permeabilità delle membrane e la fluorescenza delle sostanze studiate.
##Questione 12: Come si possono studiare le membrane al microscopio elettronico, quando si crede che contengano lipidi che la procedura estrae?
#Dipende da quale procedura si usa. Non tutti danneggiano i lipidi.
Gli alcoli, l'acetone, lo xilene, estraggono i lipidi? Gli alcoli sono utilizzati in *tutte* le preparazioni al microscopio elettronico.
##Domanda 13: Qual è la prova reale che il congelamento rapido per la microscopia elettronica causa meno restringimento e distorsione di tessuti, cellule e organelli, rispetto alla microscopia elettronica a trasmissione classica?
#È più veloce, quindi causa meno restringimento, semplice fisica. L'acqua si congela troppo rapidamente perché le membrane e.t.c. si restringano in modo apprezzabile.
Si prega di citare le pubblicazioni che dimostrano questo piuttosto che crederci e basta.
##Domanda 15: Le membrane nelle cellule sembrano essere normali al piano di sezione più spesso di quanto la geometria solida permetterebbe?
#Il piano di sezione è di solito lungo la membrana cellulare, poiché è una linea di debolezza nella preparazione, quindi ovviamente apparirà più spesso.
Come può il piano della sezione tagliare nuclei orientati in modo casuale, mitocondri, membrane cellulari? Sta cercando di spiegare perché le leggi della geometria non si applicano?
##Questione 16: Si può conoscere lo spessore in vita di qualsiasi membrana biologica?
#Sì, tramite NMR, leggi alcuni articoli di John Nagle & altri.
Quasi tutte le misure attuali in letteratura sono fatte da micrografie elettroniche di tessuti che sono stati *deidratati*.
##Questione 19: Perché sono stati isolati pochi o nessun portatore?
#Le proteine di membrana sono molto difficili da isolare perché devono essere co-purificate con lipidi nativi, o con molto detergente. Tuttavia c'è stato qualche successo.
Si è sicuri che il detergente non abbia effetti biochimici?
##Questione 20: Cos'è il trasporto?
#Per favore, che razza di domanda è questa per un newsgroup!
'Trasporto' significa movimento, e la diffusione avviene in liquidi acquosi e di altro tipo.
##Question 21: Perché i recettori e i canali, che sono stati caratterizzati, sequenziati e le loro dimensioni misurate o calcolate, non si vedono sulle membrane al microscopio elettronico a trasmissione?
#Mai visto un e/m della membrana interna mitocondriale - ooh guarda, cosa sono tutte quelle piccole cose stalky... ATP sintasi che traslocano protoni. La maggior parte dei trasportatori sono all'interno della membrana, quindi non puoi vederli perché sono sepolti.
Il sequenziamento dei cosiddetti recettori e canali mostra che sono larghi 3x della membrana cellulare che si può vedere al microscopio elettronico, quindi perché non i recettori e i canali stessi?
##Domanda 26: Perché si presume che i recettori per i trasmettitori, gli ormoni, i messaggeri, gli anticorpi, i farmaci e le tossine siano sulla superficie della membrana cellulare?
#Non è così! Ci sono un sacco di recettori all'interno della cellula (gli steroidi sono un esempio che viene insegnato a tutti a livello universitario di biochimica). Le tossine agiscono dappertutto - mitocondri, sintesi del DNA/RNA, sintesi proteica, trasporto di ioni.
Suppone che la diffusione non avvenga durante la morte, l'omogeneizzazione, la centrifugazione, la fissazione, la disidratazione, ecc.
##Questione 27: Quanto è valido l'uso di agonisti, antagonisti e ligandi per individuare i recettori, invece dei trasmettitori, ormoni, antigeni, farmaci e tossine stessi?
#Come usare una chiave copiata per aprire una porta - funziona bene come l'originale per aprire la serratura, ma potrebbe interagire diversamente con la serratura a un livello minimo.
Perché non si usa l'acetilcolina per cercare i suoi recettori, o l'adrenalina, il glutammato, il gaba, ecc. Il ligando è chimicamente *diverso* dal trasmettitore.
##Questione 33: Se i pori nucleari permettono il passaggio dell'RNA, come fanno a impedire che molecole più piccole e ioni passino nello stesso momento?
## e perché c'è una differenza di potenziale attraverso la membrana nucleare?
#Trasporto selettivo di ioni - un processo universale. Rivesti il poro con aminoacidi che soddisfano il legame dell'RNA e questo può passare, ma non altre cose, perché il loro legame non è soddisfatto. Un delta-psi è usato per il trasporto di ioni e altre cose in tutta la cellula, non solo nel nucleo!
Evidentemente non hai confrontato le dimensioni dei pori (20-120 nm in letteratura) con quelle degli ioni (<1 nm).
##Questione 34: Qual è la prova che ogni cellula di una particolare pianta o animale contiene la stessa quantità di DNA?
##Questa è stata estratta e misurata.
Quale animale o pianta, e quanti tessuti?
##Questione 35: Se la membrana cellulare è meccanicamente fluida, come possono le cellule mantenere la loro integrità?
#Dipende dalla temperatura e dal tipo/quantità di proteine presenti. Penso che la parola "fluido" sia usata in modo molto approssimativo qui. I lipidi possono certamente migrare attraverso il piano della membrana, così come "flip-flop" tra i due foglietti del bilayer. Questo non sembra compromettere l'integrità della cellula.
Singer e Nicholson usano la parola 'fluido' - io no.
##Domanda 38: In quali condizioni le colture di tessuto possono essere utilizzate per lo studio dei tessuti da cui hanno avuto origine?
#Condizioni di laboratorio normali, a condizione che il parametro cellulare che si vuole studiare non sia diverso nelle cellule coltivate. Si possono fare dei controlli per dimostrarlo.
Le cellule quando sono in coltura cambiano ambiente, forma, fonte di ossigeno, colorazione, pressione, ecc.
##Questione 39: E' lecito supporre che la crescita dei tessuti in coltura non cambi la loro morfologia, biochimica o immuno-reattività?
#- ripetizione di Q 38!
##Question 45: Se ogni cellula di un organismo contiene lo stesso DNA, ma alcune producono proteine diverse, l'esistenza di geni soppressori è l'unica spiegazione possibile della differenza delle proteine?
#No... esistono altri meccanismi, come la modifica post-traslazionale delle proteine, la modifica post-trascrizionale dell'mRNA, e livelli di controllo più alti che un embriologo potrebbe probabilmente spiegare meglio.
Queste sono ipotesi.
##Questione 46: Nelle malattie ritenute auto-immuni, sia organo-specifiche che tessuto-specifiche, perché il corpo non rigetta l'organo o il tessuto specifico, come rigetta i cuori trapiantati incompatibili, o il sangue del gruppo sbagliato, spesso facendo ammalare i pazienti, o addirittura uccidendoli?
#Domanda mal formulata. La malattia autoimmune è di solito contro le strutture all'interno della cellula, ma il rigetto immunitario è di solito contro le molecole di superficie delle cellule, che sono più fortemente riconosciute come estranee, quindi respinte. Non sono sicuro di questo, ma ehi... chi se ne frega... finché possiamo curarle entrambe, dov'è il problema se hanno meccanismi diversi?
1. Non avete risposto alla domanda
2. L'artrite reumatoide, la sclerosi multipla e molte altre malattie sono destinate a riconoscere e rifiutare le proprie proteine.
##Questione 47: Perché si usano proteine pure per la calibrazione, quando diversi tessuti contengono diverse miscele di proteine, che hanno diverse curve di calibrazione?
#È il meglio che possiamo fare, date le attuali procedure di estrazione. Se vuoi dedicare tutta la tua vita all'isolamento di miscele di proteine vitali, fallo pure, ma non aspettarti grandi ringraziamenti dalla comunità scientifica quando la miscela che hai appena passato 20 anni a isolare è obsoleta perché i suoi singoli componenti funzionano altrettanto bene!
Non è il *migliore*. Si possono fare calibrazioni di recupero con *tutti* i costituenti del tessuto presenti.
## Queste domande sono state sollevate in pubblicazioni precedenti, e ci sono state poche risposte serie ad esse.
## Tutta la scienza è seria, dati i materiali/risorse/conoscenze dell'epoca - cosa vuoi, sangue?
## Sento il dovere, quindi, di metterli su Internet, InterNet (N maiuscola)
Banale.
##Se, come sospetto, ci saranno poche o nessuna risposta a queste domande appropriate, rimarranno per le generazioni future.....
#Queste, se ci saranno, saranno le ragioni delle poche risposte:-
#1. La lunghezza dell'invio originale (11k) - materiale da cestino istantaneo
#2. Il fondamentale fraintendimento della biochimica di base in alcune domande
#3. L'atteggiamento da "salviamo il mondo" di chiunque pensi che mettere tali domande su InterNet cambierà il modo in cui la ricerca viene condotta in tutto il mondo.
#4. La natura paternalistica/condiscendente del post.
#Spero che ci pensiate un po' di più prima di mettere un altro post del genere!
Estremamente maleducato, offensivo e falso - ho un dottorato in biochimica.
#Regali
#PSB
Dottor Harold Hillman
Laboratorio Unità di Neurobiologia Applicata
DA Paul. S. Brookes.
Re: DOMANDE SENZA RISPOSTA
Data: Ven, 7 Jun 1996
Sono completamente d'accordo con alcuni degli argomenti che avete messo nella vostra posta.
Tuttavia, la maggioranza dei biochimici riconosce il semplice fatto che tutto il nostro campo è basato su modelli.
Se posso essere religioso per un momento, la maggior parte delle persone ragionevoli sarebbe d'accordo che Dio non esiste, ed è solo un eufemismo di tre lettere per qualcosa che non abbiamo assolutamente alcuna speranza di spiegare o razionalizzare. È nella nostra psiche naturale di esseri umani mettere le cose in piccole scatole per poterle capire.
Penso che lo stesso sia vero per la scienza. Per quanto ne sappiamo le cellule potrebbero non esistere; è solo che c'è una schiacciante quantità di prove che quando guardiamo al microscopio il modello dei raggi di luce che colpiscono la nostra retina è convenientemente inscatolato come "una cellula".
Tutta la scienza è basata su questi modelli, e lo sarà sempre. Se la terra oggi si è evoluta da un granello di polvere 46 miliardi di anni fa, allora ci è voluto molto tempo per arrivare qui. La scienza come la conosciamo ha circa 200 anni, quindi l'umanità non potrà mai sperare di capire tutto in un lasso di tempo così breve. Per accelerare questa comprensione, dobbiamo muoverci attraverso una serie di approssimazioni, di cui il modello biochimico è solo una.
Se gli scienziati si fermassero ad ogni tappa per fare controlli completi, il ritmo della scienza si fermerebbe. Potremmo perderci dicendo "sappiamo abbastanza, andiamo avanti", ma è un rischio calcolato. Purtroppo la scienza attuale è guidata da bisogni immediati come il desiderio di porre fine alla sofferenza umana comprendendo e combattendo le malattie. Temo che la nozione romantica di ricerca "blue skies" per il gusto di farlo non si adatti all'attuale clima finanziario globale.
Ci piacerebbe rispondere alle sue domande senza risposta, ma non possiamo permettercelo.
Saluti
PSB
Non è affatto vero che abbiamo mai dubitato dell'esistenza della cellula.
Non posso che essere in disaccordo con lei sul fatto che la scienza possa progredire senza fare controlli completi.
È la povertà di denaro o di intelletto che vi rende incapaci di rispondere alle mie domande? Tuttavia, lei ammette di non rispondere, e la scienza continuerà a soffrire della sua incapacità di affrontarle.
Harold Hillman
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Da: John Joseph Ladasky Jr. BA Biochemistry, U.C. Berkeley, 1989 (PhD forse 1998???)
Posizione: Stanford University, Dept. of Structural Biology, Fairchild D-105
Newsgroups: bionet.cellbiol
Subject: Re: DOMANDE NON RISPOSTE
Data: 27 maggio 1996
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[48 domande cancellate]
# Queste domande sono state sollevate in pubblicazioni precedenti, e ci sono state poche risposte serie ad esse. Sento quindi il dovere di metterle su Internet, per stimolare i colleghi, soprattutto quelli giovani, ad affrontarle seriamente, o a spiegare perché non sono disposti a farlo.
Ok, sono un giovane ricercatore. Non sono disposto ad affrontare queste domande in questo momento perché sono tangenziali alla mia disciplina di scelta (immunologia), e il mio PI non apprezzerebbe tali deviazioni. Non che io non consideri molte delle sue domande interessanti e rilevanti. Tuttavia, il tono della tua lettera... per esempio, #Se, come sospetto, ci saranno poche o nessuna risposta a queste domande appropriate, esse rimarranno per le generazioni future per dimostrare la loro integrità affrontandole... implica che chiunque la legga debba condividere le tue priorità di ricerca (neurobiologia, apparentemente), o altrimenti essere trovato privo di integrità.
Potrei scrivere una lista simile di domande senza risposta in immunologia.
Sarebbe giusto da parte mia considerarvi con disprezzo se non sceglieste di abbandonare quello che state facendo per rispondere alle mie domande? Certo che no.
ID unico: Ladasky, John Joseph Jr.
======================
Subject: Re: DOMANDE SENZA RISPOSTA
Data: 3 giugno 1996
Organizzazione: Università di Stanford, CA 94305, USA
Tom Chappell [University College, Londra] ha scritto:
[Torna all'inizio]
## DOMANDE SENZA RISPOSTA IN BIOLOGIA. 27 maggio 1996
###Questione 34: Qual è la prova che ogni cellula di una particolare
### pianta o animale contiene la stessa quantità di DNA?
###
##Visto il tono della domanda originale, penso che coglierò l'occasione
## di entrare nel merito di questa domanda...
##
## Non ci sono prove perché è una falsa ipotesi.
Non è né falso né vero - non è provato.
##Chi fa questa domanda non capisce (come inizio):
Questo non è vero
##1) differenze tra le fasi G1, S e G2 del ciclo cellulare
##2) la meiosi
##3) differenziazione dei globuli rossi o dei muscoli striati
##4) cromosomi politenici
##5) epitelio cheratinizzato
##6) biogenesi dei mitocondri
##7) endomitosi
##8) tumori maligni e non maligni
##9) apoptosi
##10) amplificazione genica
##11) retrovirus
##
##Compra una copia di Biologia Molecolare della Cellula e cominci da pagina 1.
Questo è scortese
#D'altra parte, se ti limiti all'esame
#di cellule sane e diploidi G0/G1 (il che definisce un sacco di tessuto),
#ci sono buone prove che la quantità di DNA in ogni cellula concorda
#entro i limiti di misurazione. Le misurazioni sono effettuate con
#tecniche quantitative di fluorescenza (per esempio, citometria a flusso) e un DNA
#fluorocromo.
Qualche riferimento alle tue "buone prove"?
Harold Hillman
[Torna su]

Da: aledain@receptor.pharm.uwa.edu.au (Dr. Alex)
Newsgroups: bionet.cellbiol
Subject: Re: UNANSWERED QUESTIONS
Date: 28 May 1996
Organization: Farmacologia - UWA
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# ... domande snipped ...
Hmm. Ci saranno sempre più domande che risposte in qualsiasi universo. Una legge fondamentale afferma che se mai tutte le domande e le risposte sono note in un particolare universo, allora esso scomparirà in un soffio di logica. Qualcosa a che fare con il numero 42 sospetto ...
Su una nota più seria ... è possibile che:
A. le domande non hanno avuto una risposta soddisfacente secondo te.
B. ulteriori letture nelle fonti corrette risponderanno alle domande.
C. le risposte già disponibili sono in disaccordo con le tue teorie (vedi A).
D. non sei abbastanza ferrato nei campi a cui sono rivolte le tue domande.
E. queste domande non sono rilevanti per gli scienziati di altri campi.
F. queste domande non sono rilevanti per gli scienziati del vostro campo.
G. queste domande non sono rilevanti.
Date risorse infinite, tempo infinito e più di una vita, tutti gli scienziati alla fine risponderebbero a tutte le domande. A questo punto del tempo, discutere su ciò che è chiarito o non chiarito è irrilevante ... perché dato un ritmo ragionevole alla scoperta scientifica tutte (beh molte) le cose possono essere smentite o provate oltre ogni dubbio (abbastanza bene per la maggior parte). Ecco perché noi ipotizziamo, facciamo ipotesi, discutiamo e poi la nostra ipotesi può diventare una teoria. Anche se alcuni non raggiungeranno mai il livello di teoria... povero Avagadro.
Salute, Alex.
P.S. E il trolling ti procurerà sempre qualche morso :-)
[La risposta di Harold non sembrava degna di essere inviata].
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Richard Delorme Laboratoire de Cytologie Analytique. univ-lyon.fr
Oggetto: Re: * DOMANDE SENZA RISPOSTA: RISPOSTA *
Data: Ven, 14 Jun 1996
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## (b) Che le seguenti strutture non esistono nei viventi
##cellule: reticoli endoplasmatici, corpi di Golgi, lisosomi, pori nucleari,
##criste mitocondriali, il citoscheletro, i filamenti di actina e le manopole sinaptiche, sia
##perché non permetterebbero gli evidenti movimenti intracellulari, o perché disobbediscono alle leggi della solida
##geometria. Le molecole di transmembrana e i recettori non possono essere visti sulle
##le membrane cellulari al microscopio elettronico a trasmissione, anche se
il ##sequencing mostra che sono 2-3 volte il diametro della cellula
##membrana, che *può* essere vista al microscopio elettronico;
#È possibile vedere alcune di queste strutture nelle cellule viventi. Per
#esempio, DIOC6 è un colorante fluorescente che colora il reticolo endoplasmatico nella
#nella cellula vivente, la rodamina 128 colora i mitocondri, ecc. Se sei un web
#surfer, puoi trovare alcuni filmati che mostrano queste strutture che si muovono all'interno delle
#cellule.
Quasi tutta la fluorescenza, se non tutta, è fatta nelle sezioni fisse, disidratate e montate in cui i movimenti non possono avvenire. Fate l'immuno-fluorescenza?
#Certo, se siete ciechi nei confronti di qualsiasi tipo di evidenza...
Maleducato. Non hai letto le mie pubblicazioni, quindi come fai a saperlo?
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Greg S. Fraley
Date: Ven, 7 Jun 1996
Subject: Re: * DOMANDE SENZA RISPOSTA: RISPOSTA *
Washington State College of Veterinary Medicine
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## 1. La scortesia, le supposizioni di ignoranza e le osservazioni emotive non sostituiscono
## sostitutivi di argomentazioni e prove misurate. Ciascuna di queste domande
## evidenzia una contraddizione *all'interno* dei punti di vista attuali; per esempio, ...
#Ogni scortesia, presunzione di ignoranza e commenti emotivi, veri o
#impliciti erano probabilmente dovuti alla formulazione antagonista e arrogante dei
#postini originali. E francamente, molte delle domande fanno affermazioni
#che sono grossolanamente imprecise. Questo verrà sottolineato.
## (a) tutti sono d'accordo che i movimenti intracellulari possono essere
##visti al microscopio ottico a bassa potenza nelle cellule viventi, eppure la maggior parte delle persone
## credono che ci sia un citoscheletro, che non permetterebbe tali
## movimenti;
#Molto falso. Infatti, il citoscheletro gioca un ruolo intricato in
nei movimenti #intracellulari. Per esempio, cercate in un libro di testo o in un molo
#o in un articolo di recensione del processo di trasporto assonale e il
#sinergismo tra il citoscheletro e le cinesine e i dinieni.
Nessuno ha mai proposto un meccanismo per cui tutti gli elementi del citoscheletro attaccati ai mitocondri, per esempio, possano spostare questi ultimi.
Il ruolo dei vari actina, tubulina, microtubuli nel movimento è un'ipotesi indimostrabile.
La diffusione, il movimento browniano, lo streaming e la convezione visti nel vetro smerigliato in acqua richiedono il citoscheletro per muoversi? Vedere Hillman & Sartory (1980) "The Living Cell".
## (b) la maggior parte delle persone crede nella Seconda Legge della Termodinamica, eppure
## nel frazionamento subcellulare cambiano l'entropia dei loro sistemi
## (omogeneizzare e centrifugare), e suppongono che questo non cambi l
## l'energia libera, che guida tutte le reazioni biochimiche che stanno
## studiano, e allo stesso tempo si sono rifiutati per cinquant'anni di
## fare i necessari esperimenti di controllo per scoprire di quanto;
## Ancora, quali controlli volete che siano fatti che non sono stati fatti.
Ho elencato in "certezza e incertezza". (1972) 7 tipi di controlli.
Si deve dimostrare che tutte le attività chimiche *e* la loro posizione non sono state modificate dalla procedura.
## (c) la maggior parte delle persone sarebbe d'accordo che le leggi della geometria solida devono
## essere rispettate, mentre nelle loro micrografie elettroniche - al contrario dei loro
## diagrammi - non vedono una selezione casuale di orientamenti, comprese le viste oblique delle membrane cellulari, delle membrane nucleari, delle lamelle mieliniche
## lamelle, sinapsi, pori nucleari, ecc.
##
#Chiunque si occupi di elettroni (o di luce, se è per questo) ha sempre esempi
#di sezioni oblique attraverso una cellula/tessuto. Questo è il motivo per cui, per esempio,
#molti fattori di correzione devono essere utilizzati quando si fanno conteggi di cellule che possono
#contenere errori di sovrastima/sottovalutazione dovuti a sezioni oblique.
#Le microfotografie negli articoli di giornale sono i migliori rappresentanti - le immagini
#sono usate per dimostrare il punto che viene fatto nel testo, in modo che il miglior
#sono mostrati i migliori orientamenti possibili. Per quanto riguarda i digrammi, se stai cercando di
#imparare la struttura di una cellula, preferiresti un semplice
#o qualcosa di MC Escher? Perché mai dovresti proporre una #distribuzione casuale
#distribuzione casuale del contenuto cellulare? Esistono distribuzioni casuali di
#qualsiasi struttura organsimica? Il tuo cuore, i tuoi polmoni, il tuo CERVELLO, sono nello stesso
#posto generale di qualsiasi altro homo sapiens, o di qualsiasi altro mammifero per questo
#materia?
In oltre 120 conferenze in Europa, USA e Canada, ho sfidato chiunque a mostrarmi QUALSIASI micrografia di una cellula intera con QUALSIASI membrana 'unitaria' che appaia ad angolo retto rispetto alla sua sezione normale. Tutti dicono di averne qualcuna - nessuno ce l'ha. E voi?
## 2. Nelle mie pubblicazioni citate, e in circa
#120 altri articoli completi, ho dimostrato, in dettaglio, con prove:
## (a) Che non si possono ancora trarre conclusioni dal frazionamento subcellulare
## frazionamento sulla chimica degli organelli, che sono rilevanti
## ai loro stati originali negli organismi viventi intatti;
## Si prega di fare riferimento ad articoli di riviste specializzate che sostengono questa affermazione.
I miei libri 'Certainty and Uncertainty in Biochemical techniques' (1972) e 'The Case for New Paradigms. (1991)
## (b) Che le seguenti strutture non esistono nelle cellule viventi
## cellule: reticoli endoplasmatici, corpi di Golgi, lisosomi, pori nucleari,
## le criste mitocondriali, il citoscheletro, i filamenti di actina e le manopole sinaptiche,
## o perché non permetterebbero gli evidenti movimenti intracellulari,
## o perché disobbediscono alle leggi della solida
## geometria solida. Le molecole di transmembrana e i recettori non possono essere visti sulle
## le membrane cellulari al microscopio elettronico a trasmissione, anche se
## il sequenziamento mostra che sono 2-3 volte il diametro della cellula
## membrana, che *può* essere vista al microscopio elettronico;
#Di nuovo, per favore, date qualche dato reale che dimostri che queste strutture non
#indeed esistono. Ho visto ER e golgi e mitocondri, quindi cos'è
#che sto vedendo? Quando sei in un aereo puoi vedere le strade, ma
#può risolvere le auto o il rimorchio del trattore su questa strada? No, non si può,
#questa è la stessa idea delle molecole legate alla membrana. Tuttavia, i ligandi
#possono essere legati ai recettori transmembrana che contengono elementi (come
#come la biotina, o l'oro, ecc.) che possono essere risolti - e, infatti, sono visti a
#il livello EM.
Lei vede il Golgi e l'e.r. in cellule fisse disidratate su cui sono stati depositati metalli pesanti. Vi prego di inviarmi e darmi riferimenti alla trasmissione ems di molecole transmembrana, in situ.
## (c) Che nel sistema nervoso centrale, le uniche cellule sono
## neuroni e microglia; astrociti e oligodendrociti non esistono
## in tutto il sistema nervoso intatto dei mammiferi;
#Di nuovo, questo è quasi assurdo. Faccio quasi esclusivamente animali interi
#sistemi modello. Vedo abitualmente sia nel mio lavoro che in quello dei miei
#colleghi tutti questi tipi di glia all'interno del SNC.
Forse si sarebbe disposto a leggere il mio 'Struttura cellulare del sistema nervoso dei mammiferi' (1986) MTP Publications dove ho portato le prove.
## (d) L'ipotesi della trasmissione chimica contiene molte ipotesi non verificate
## e ipotesi non verificate, ed è stata elaborata per le giunzioni neuromuscolari
## giunzioni neuromuscolari; si è supposto che sia rilevante per le sinapsi - soprattutto perché quest'ultimo termine è stato esteso dal suo significato originale
## (connessioni nervo-nervoso) per includere le giunzioni neuromuscolari (connessioni nervo-muscolo).
#Molte persone ti hanno chiesto, e lo ripeto, quali ipotesi sono indimostrabili
#e non testate? Ci sono molte somiglianze tra un assono-dendritico,
#axo-assonico, dendro-assonico, dendro-dendritico, dendro-somatico,
#axono-somatico, e sinapsi di tipo neuromuscolare. Sì, ci sono anche
#differenze. Questa è la natura della biologia.
Nel mio documento 'A Re-examination of the Vesicle Hypothesis' (1991) Physiol Chem Phys & NMR 23, 177-198 ho elencato 23 ipotesi. Se non riuscite ad ottenerlo, fatemelo sapere - poi magari informatemi su quali di queste ipotesi sono *non* fatte, e quali non sono *non* indimostrabili
## 3. Ho sempre proposto ipotesi alternative e testabili, non
## aperte alle critiche dei punti di vista attuali, per esempio, come localizzare
## le attività biochimiche senza distruggere i tessuti, la struttura
## della cellula vivente, la struttura cellulare del sistema
## sistema nervoso centrale, il passaggio dell'eccitabilità da un neurone a
## un altro, ecc.
##
## Mai, in questo gruppo di notizie avete postato ipotesi alternative. Per favore
#fallo se pensi che possano reggere un esame.
Non le ho postate su Usenet perché occuperebbero troppo spazio. Siete pronti ad esaminare le mie prove?
## 4. Le questioni fondamentali che devo sollevare con i
## citologi sono:
## "In base a quali criteri le domande sono improprie?
## "Tutti gli accademici hanno il dovere di affrontare le difficoltà e le
## contraddizioni apparenti delle proprie opinioni?
## 'Credono che il progresso possa essere fatto senza esaminare
## i propri punti di vista?
## "Non sarebbero d'accordo che un buon accademico dovrebbe rispondere a tutte
## queste domande in modo affermativo?
#Come spesso mi è stato detto e come a mia volta dico al mio studente, non ci sono
#non ci sono domande stupide (improprie) nella scienza. Il cambiamento è una parte necessaria della
#Ci sono stati diversi casi nel corso della storia in cui il
#principio comunemente accettato si è rivelato essere completamente sbagliato. Tuttavia, questo
#è stato fatto attraverso test meticolosi. Qualsiasi antagonismo che puoi aver
#ricevuto era dovuto esclusivamente al modo in cui queste domande sono state formulate.
#Hai iniziato tutto questo thread in modo molto antagonistico e accusatorio.
# Qualsiasi persona normale si mette sulla difensiva quando viene attaccata. E
#Si, le tue domande erano aggressive per come sono state formulate.
Ritiene che fare domande sia un attacco - io non lo faccio
#5. Mi sembra assolutamente essenziale che qualsiasi progetto sperimentale
## progetto sperimentale elenchi il maggior numero possibile di ipotesi inerenti a:-
## (a) l'uso delle procedure sperimentali;
## (b) l'elaborazione dei dati grezzi nei risultati da pubblicare;
## (c) l'interpretazione dei risultati alla luce delle precedenti
## teorie precedenti e di quelle nuove che vengono generate.
## Mi sembra di vedere questo nella maggior parte degli articoli scientifici pubblicati rivisti al molo.
Per "esame più approfondito", penso che lei intenda un esame più approfondito. Perché non risponde alle domande?
## Semplicemente non è sufficiente sostenere il proprio caso con i risultati di altre
## scoperte di altre persone senza esaminare la validità delle scoperte
## citate. Si è responsabili non solo dell'interpretazione dei propri
## propri risultati ma anche della validità degli esperimenti o delle interpretazioni di altri autori di cui si usano i risultati per interpretare i propri
## risultati. La validità di un esperimento dipende dalla verificabilità di *ogni* ipotesi statisticamente potenzialmente significativa,
## sia quelle riconosciute che quelle non riconosciute o ignorate. Come una
## catena, la sua forza complessiva dipende dal suo anello più debole. Il
## validità e il valore di un esperimento alla ricerca della verità dipendono
## dall'attendibilità dell'ipotesi più debole. Infatti, *qualsiasi* ipotesi sbagliata
## il cui errore potrebbe fare una differenza significativa per il
## risultato di un esperimento, rende l'intero esperimento non valido. Di
## naturalmente, diventa peggio se le assunzioni sono testabili ma non sono
## mai state testate, o non sono verificabili. Un presupposto non scompare solo perché i ricercatori, singolarmente o collettivamente, non lo
## la riconoscono, o non vogliono farlo.
#Vero, ma se gli scienziati non si fidano mai delle interpretazioni degli altri e tutto quello che
#fossero ripetere il lavoro degli altri per provare/smentire le scoperte,
#quale progresso si farebbe? Questa non è scienza.
Stai confondendo due cose diverse. Non ho *mai* detto che non ci si deve 'fidare' degli altri autori. Ho detto che quando usi le loro prove per sostenere le tue scoperte, ti assumi implicitamente la responsabilità intellettuale della validità delle loro scoperte.
Harold Hillman
#GS Fraley
#"Dicono che non c'è il diavolo, Jim, ma c'è... "#
Date: Mer, 12 Giugno 1996
Da: "Greg S. Fraley "#Quante volte hai intenzione di postare le stesse domande. Sono
#continuamente si risponde allo stesso modo. Postare continuamente le
#Le stesse domande non vi faranno ottenere le risposte che volete.
Continuerò a fare queste importanti domande finché tu o qualcun altro non risponderà, con *qualsiasi* risposta, non necessariamente quelle che potresti dare allo studente, o forse a te stesso!
Harold Hillman
#Data: Mer, 26 Jun 1996
#Da: "Greg S. Fraley"
## Continuerò a fare queste importanti domande finché tu o qualcun altro
## qualcun altro risponda, con *qualsiasi* risposta, non necessariamente quelle che
## dare allo studente, o forse a te stesso!
##
## In altre parole, finché non otterrai le risposte che vuoi sentire? Non è molto
## buona scienza, e abbastanza immorale.
No, ho scritto "finché non ottengo *qualsiasi* risposta". Il dottor Cornelius Krasel di Wurzburg è stata l'unica persona che ha risposto a molte delle domande.
Sembra che lei non voglia rispondere a me, a Usenet, a se stesso o ai suoi studenti. Perché no? L'ho fatto, nelle mie pubblicazioni.
Harold Hillman
Re: Domande senza risposta contd.
Data: Gio, 27 Jun 1996
Da: "Greg S. Fraley"
# No, ho scritto "finché non avrò *qualsiasi* risposta". Il dottor Cornelius Krasel di
# Wurzburg è stata l'unica persona che ha risposto a molte delle domande.
# Sembra che tu non voglia rispondere a me, a Usenet, a te stesso o
# ai suoi studenti. Perché no? Ho, nelle mie pubblicazioni.
#
HO RISPOSTO, HO ANCHE FORNITO DEI RIFERIMENTI!!! Ho pubblicato le risposte e
e te le ho anche inviate per e-mail. Come hanno fatto almeno altre sei persone su
bionet.neuroscience usenet - cercale negli archivi.
*** Qui sotto ci sono tutte le domande/risposte che abbiamo; come vedi, non si risponde alle risposte di Harold, né ci sono riferimenti. Se qualcosa è andato perso, per favore inviatelo.
[Seguono i tre file di risposta di Fraley fino ad oggi. Nessuna risposta].
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DA Richard van Frank
Wed, 29 May 1996
Newsgroups: bionet.cellbiol
Subject: Re: DOMANDE SENZA RISPOSTA
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## molto cancellato
##
## Le seguenti domande non hanno mai avuto una risposta soddisfacente,
### molte delle quali non hanno mai avuto una risposta:-
##
##
##Questione 1: Si può ottenere una frazione arricchita di un
## organello o tipo di cellula?
##Sì! Questo è stato fatto con vari metodi e con vari gradi di successo
#da almeno 25 anni.
Il frazionamento subcellulare è fatto per esaminare la biochimica degli organelli, si presuppone che la procedura non *cambi* la biochimica, cosa che la 2° legge della termodinamica impone.
##Domanda 2: Come si fa a sapere che la procedura distruttiva non
## cambia significativamente la biochimica della frazione?
#Non si sa. Tuttavia, se si eseguono controlli appropriati e si fanno saggi delle
#frazioni si può avere un'idea se ciò avviene.
I controlli non sono mai stati pubblicati (vedi H Hillman (1972)
##Domanda 3: Perché non vengono
## controlli sempre eseguiti per il frazionamento subcellulare, tranne
## per i recuperi totali rispetto agli omogenati grezzi?
## Non lo so. La buona scienza richiede che questo venga fatto. A volte è un occhio
#aprire gli occhi.
I controlli non sono mai stati pubblicati. Quindi tutto il frazionamento s/c è incontrollato.
## Domanda 5: La scoperta che una sostanza o attività chimica
## si trova nella stessa frazione subcellulare e in una struttura identificata dalla microscopia elettronica significa che la stessa attività chimica
## si trovava in quel particolare organello nella cellula vivente del
## animale o pianta intatta.
#Non necessariamente - questo è il motivo per cui sia i saggi enzimatici delle frazioni che la microscopia elettronica
#microscopia elettronica.
Sì.
##Questione 8: Qual è la prova che la frazione microsomiale consiste di membrane cellulari e reticolo endoplasmatico?
#Microscopia elettronica, citochimica e saggi enzimatici. Anche esperimenti di induzione di er.
I 'microsomi' sono sferici, la membrana cellulare appare 'trilaminare' al microscopio elettronico; essi *non* hanno lo stesso aspetto.
Hillman, H. *Certainty and Uncertainty in Biochemical Techniques* (1972),
Surrey University Press, Henley-on-Thames, U.K.
Hillman, H. & Sartory, P. *The Living Cell* (1980), Packard
Publishing, Chichester.
Hillman, H. *The Cellular Structure of the Mammalian Nervous System*
(1986), MTP Press, Lancaster.
Hillman, H. *The Case for New Paradigms in Cell Biology and Neurobiology*
(1991), Mellen Press, Lampeter.
Dr Harold Hillman
Laboratorio Unità di Neurobiologia Applicata,
76 Epsom Road,
GUILDFORD
Surrey
GU1 2BX
REGNO UNITO.
Fax: UK 1483 31110
Telefono: UK 1483 568332
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Da: Peter French, Centre for Immunology, St Vincent's Hospital, Sydney.
Date: Ven, 7 Jun 1996
Subject: Re: * DOMANDE SENZA RISPOSTA: RISPOSTA *
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Comunque, anche se alcuni dei tuoi punti hanno valore, qual è il punto generale che stai cercando di fare? Importanti scoperte sono state fatte usando gli approcci riduzionistici che tu disprezzi, nonostante i loro ben noti limiti.
Di tutte le tue affermazioni, quella che è chiaramente la più ridicola è che il citoscheletro e i filamenti di actina non esistono. Il citoscheletro (e i filamenti di actina, che nella mia definizione è un componente del citoscheletro) è stato visualizzato al microscopio elettronico, al microscopio ottico, al microscopio a fluorescenza e al microscopio a forza atomica. Inoltre, ci sono meccanismi ben noti con cui il citoscheletro regola il movimento degli organelli all'interno del citoplasma, quindi perché non credere alla sua esistenza sulla base del "perché non permetterebbero gli evidenti movimenti intracellulari, o perché disobbediscono alle leggi della geometria solida". Su questa base, non credereste al volo più pesante dell'aria perché disobbedisce alle leggi gravitazionali.
Il citoscheletro, sotto forma di tubulina, esiste nel fuso mitotico (dove controlla il movimento dei cromosomi) e nei neuroni dove è coinvolto nel trasporto assonale; sotto forma di actina si trova quasi universalmente alla membrana cellulare.
A volte, Hillman/Fowler, dobbiamo modificare le nostre teorie per adattarle ai dati osservati. Se sembra un cammello, si sente come un cammello e odora come un cammello, potrebbe essere un cavallo, ma probabilmente è un cammello Allo stesso modo, se lei sostiene che si può vedere una membrana cellulare da em, e lo accetta, perché non accettare i filamenti di actina? Non capisco il suo dilemma.
Peter French, Centro di Immunologia, St Vincent's Hospital, Sydney.
Presidente, ANZSCBI
I filamenti di actina non possono essere visti al microscopio ottico e non permetterebbero il movimento intracellulare. Come potrebbero le reti sottili muovere grandi particelle come i mitocondri? È un'ipotesi per la quale nessuno ha suggerito un meccanismo.
È difficile discutere questi argomenti, se non avete letto le mie prove in H Hillman e P Sartory (1980) 'The Living Cell', Packard, Chichester (è nella Sydney Univ Library).
H.H. (1991) 'Alcune considerazioni microscopiche sulla struttura cellulare', Microscopy 36, 557-577.
H.H. (1991) 'The Case for New Paradigms in Cell Biology and in Neurobiology' Mellen Press, Lewiston.
Si prega di entrare in corrispondenza su questioni particolari. Noto che ne avete letto solo uno su 47.
Harold Hillman
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Warren Gallin Dipartimento di Scienze Biologiche
Re: * DOMANDE SENZA RISPOSTA: RISPOSTA *
Università di Alberta Edmonton, Alberta T6G 2E9 Canada
Data: Ven, 7 Jun 96
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#Io suggerirei che le dimostrazioni di ignoranza non favoriscono
#ottenere risposte serie o rispettose.
Maleducato. Si prega di indicare qualsiasi "dimostrazione di ignoranza".
##1. La scortesia, le supposizioni di ignoranza e le osservazioni emotive non sono
##sostituiscono argomenti e prove misurate. Ognuna di queste domande
## evidenzia una contraddizione *all'interno* delle opinioni correnti; per esempio,
## (a) tutti sono d'accordo che i movimenti intracellulari possono essere visti con
##(a) tutti sono d'accordo sul fatto che i movimenti intracellulari possono essere visti al microscopio ottico a bassa potenza nelle cellule viventi, eppure la maggior parte delle persone
##credono che ci sia un citoscheletro, che non permetterebbe tali
##movimenti;
#Questo è ridicolo. È dimostrato che il citoscheletro funge da substrato per
il movimento degli #organelli. Leggi un libro di testo di biologia cellulare di base.
A parte il commento scortese, ti suggerisco di leggere le mie prove in Hillman & Sartory (1980) e H.Hillman (1991) Alcune considerazioni microscopiche sulla struttura cellulare. Microscopia 36, 557-577.
## (b) la maggior parte della gente crede nella Seconda Legge della Termodinamica, eppure
##nel frazionamento subcellulare cambiano l'entropia dei loro sistemi
##(omogeneizzare e centrifugare), e suppongono che questo non cambi l
##energia libera, che guida tutte le reazioni biochimiche che stanno
##studiare, e allo stesso tempo, si sono rifiutati per cinquant'anni di
##fare i necessari esperimenti di controllo per scoprire di quanto;
#per esempio? Lei afferma che la gente fa queste supposizioni. Nella mia
#Qual è la sua base per questa affermazione?
In HH (1991). Ho elencato 25 presupposti *inerenti* all'uso della tecnica H Hillman (1991) The Case for New Paradigms in Cell Biology and in Neurobiology, Mellen Press, Lewiston. Nessuno ha negato che nessuna delle ipotesi che ho elencato sia *non* inerente all'uso della tecnica.
## (c) la maggior parte delle persone sarebbe d'accordo che le leggi della geometria solida devono
##essere rispettate, mentre nelle loro micrografie elettroniche - al contrario dei loro
##diagrammi - non vedono una selezione casuale di orientamenti, incluse
##vedute oblique di membrane cellulari, membrane nucleari, mielina
##lamelle, sinapsi, pori nucleari, ecc.
#Sei di nuovo ridicolo. Non hai mai fatto l'E.M.? Infatti le
#regole della geometria solida sono usate come base per molte delle analisi morfometriche
#analisi delle micrografie.
Mostratemi una distribuzione casuale degli orientamenti delle membrane "unitarie" o dei pori nucleari.
##2. Nelle mie pubblicazioni citate, e in circa 120 altri articoli completi
##papers, ho dimostrato, in dettaglio, con prove:
## (a) Che non si possono ancora trarre conclusioni dalla ##frazionamento subcellulare
##frazionamento sulla chimica degli organelli, che sono rilevanti
##ai loro stati originali negli organismi viventi intatti;
## (b) Che le seguenti strutture non esistono nei viventi
##cellule: reticoli endoplasmatici, corpi di Golgi, lisosomi, pori nucleari,
##le criste mitocondriali, il citoscheletro, i filamenti di actina e i pori sinaptici
##knobs, sia perché non permetterebbero gli evidenti
##movimenti intracellulari evidenti, o perché disobbediscono alle leggi della
##geometria. Le molecole di transmembrana e i recettori non possono essere visti sulle
##le membrane cellulari al microscopio elettronico a trasmissione, anche se
il ##sequencing mostra che sono 2-3 volte il diametro della cellula
##membrana, che *può* essere vista al microscopio elettronico;
#Ah, sei un discepolo di J.D. Robertson? E le giunzioni di gap?
No - è irrilevante.
## (c) Che nel sistema nervoso centrale, le uniche cellule sono
##neuroni e microglia; astrociti e oligodendrociti non esistono
##in tutto il sistema nervoso intatto dei mammiferi;
## (d) L'ipotesi della trasmissione chimica contiene molte ipotesi non verificate
##e ipotesi non verificate, ed è stata elaborata per le giunzioni neuromuscolari
##giunzioni neuromuscolari; si è supposto che sia rilevante per le sinapsi - specialmente
##perché quest'ultimo termine è stato esteso dal suo significato originale
##(connessioni nervo-nervoso) per includere le giunzioni neuromuscolari (connessioni nervo-muscolo).
##2. Non leggi la letteratura?
Mi occupo di ricerca da quarant'anni e *lo faccio*. Ha letto qualcuno dei miei?
##3. Ho sempre proposto ipotesi alternative e testabili, non
##aperto alle critiche dei punti di vista attuali, per esempio, come localizzare
##le attività biochimiche senza distruggere i tessuti, la struttura di
##la cellula vivente, la struttura cellulare del sistema
##sistema nervoso centrale, il passaggio dell'eccitabilità da un neurone a
##un altro, ecc, ecc.
##
##4. Le questioni fondamentali che devo sollevare con gli ##citologi di Internet
##citologi sono:
## "Secondo quali criteri le domande sono improprie?
#Le domande non sono improprie, ma possono essere inutili o basate su
#ignoranza. La maggior parte delle tue chiaramente lo sono.
Maleducato. Quali sono 'inutili'?
## "Tutti gli accademici hanno il dovere di affrontare le difficoltà e
##apparenti contraddizioni dei loro punti di vista?
#Sì, e anche tu. La tua negazione meccanica di enormi porzioni di #conoscenze attuali
#conoscenza sarebbe forse la prima cosa che dovresti affrontare.
Temo di averlo fatto; purtroppo lei non ha letto le mie pubblicazioni
## Credono che si possa progredire senza esaminare i loro punti di vista?
##le loro stesse opinioni?
#Certo che no. Ti suggerisco di applicare questa idea ai tuoi punti di vista.
Le suggerisco di leggere le mie pubblicazioni prima di commentarle.
## 'Non sarebbero d'accordo che un buon accademico dovrebbe rispondere a tutte
##queste domande in modo affermativo?
#No.
##5. Mi sembra assolutamente essenziale che ogni esperimento
##progetto elenchi il maggior numero possibile di presupposti inerenti a:-
## (a) l'uso delle procedure sperimentali;
## (b) l'elaborazione dei dati grezzi nei risultati da pubblicare;
## (c) l'interpretazione dei risultati alla luce delle precedenti
## teorie precedenti e di quelle nuove che vengono generate.
##
## Vero. Esattamente fino a che punto bisogna arrivare. Quando si usa una soluzione di saccarosio 1 M
#è necessario delineare le incertezze della struttura del
#sucroso, termodinamica dell'interazione dell'acqua con le molecole di saccarosio,
#se le molecole esistono davvero? Ad un certo punto si deve supporre che il
#lettore sia informato sullo stato attuale delle conoscenze nel campo. Se voi
#non lo è, allora è colpa sua, non dell'autore del documento.
Quando si usa il saccarosio 1 M in una preparazione per il dosaggio dell'enzima, bisogna sapere se influisce sull'enzima stesso. Lo fa. Lo sapevi?
##Semplicemente non è sufficiente sostenere il proprio caso con le scoperte di altre
##sopravvivenze di altre persone senza esaminare la validità delle scoperte
##citato. Si è responsabili non solo dell'interpretazione dei propri
##propri risultati ma anche della validità degli esperimenti o delle interpretazioni
##di altri autori di cui si usano i risultati per interpretare i propri
##risultati. La validità di un esperimento dipende dall'attendibilità
##di *ogni* assunzione statisticamente potenzialmente significativa,
##sia quelle riconosciute che quelle non riconosciute o ignorate. Come una
##catena, la sua forza complessiva dipende dal suo anello più debole. Il
##validità e il valore di un esperimento alla ricerca della verità dipendono
##dall'attendibilità dell'ipotesi più debole. Infatti, *qualsiasi* ipotesi sbagliata
##il cui errore potrebbe fare una differenza significativa per il
##risultato di un esperimento, rende l'intero esperimento non valido. Di
##Naturalmente, la situazione peggiora se le ipotesi sono testabili ma non sono
##non sono mai state testate, o sono indimostrabili. Un'ipotesi non scompare
##solo perché i ricercatori, singolarmente o collettivamente, non
##riconoscono, o non vogliono farlo.
##
##6. Desidero ripetere che sono pronto ad entrare in un ##dialogo personale con chiunque
##dialogo personale con chiunque su ognuna di queste questioni, e ho trattato
##con ciascuna di esse in *dettaglio* nelle mie pubblicazioni. Ho risposto
##alle risposte su Internet ricevute finora.
##
##7. Qui stiamo parlando di integrità intellettuale, e non di
##promozione, domande di sovvenzione, casistica, acrobazie verbali, punteggio
##punti, teologia o dogma - almeno spero che sia così!
#Qui stiamo parlando della praticità del discorso intellettuale. I
#ho avuto troppi scontri con persone che pensavano che semplicemente facendo
#domande senza fare alcuno sforzo serio per informarsi sulle
#problemi stavano contribuendo al discorso intellettuale. Non sono d'accordo con
#questo punto di vista.
Dire che sono ignorante, che non ho affrontato le domande o avanzato ipotesi alternative, può essere basato solo sulla vostra lettura e valutazione delle mie prove.
Harold Hillman.
[Torna all'inizio]

Da: brad.harris@u.cc.utah.edu
[22 luglio; questo non ha avuto risposta fino a ottobre]
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#Apprezzo la tua messa in discussione dell'establishment, solo così facendo
#può la scienza progredire. Quando non riusciamo a mettere in discussione i nostri presupposti noi
#non riusciamo ad andare avanti. Spesso dobbiamo fare ipotesi audaci per
#per fare qualsiasi progresso, tuttavia, è importante che questi presupposti
#siano riconosciute e ammesse, esse qualificano qualsiasi risposta che viene
#e devono essere affrontate individualmente ad un certo punto.
Non sto mettendo in discussione l'establishment. Sto facendo domande scientifiche a chiunque creda nella visione attualmente accettata. Non è solo importante che i presupposti siano riconosciuti e ammessi, ma ancora più importante, devono essere testati.
# Ho una domanda assillante del tipo "perché stai ponendo queste domande".
#La mia natura poco fiduciosa mi fa chiedere se in qualche modo hai un'agenda nascosta?
Qual è la rilevanza dei miei motivi per fare domande? Non è corretto fare domande?
# Tuttavia, in buona fede e nella ricerca della verità e della comprensione:
#La maggior parte delle tue domande le conosco troppo poco per dare una risposta intelligente, ma:
##Questione 26: Perché si presume che i recettori per trasmettitori, ormoni, messaggeri, anticorpi, farmaci e tossine siano sulla superficie della membrana cellulare?
#Quando le cono-tossine (neurotossine delle cono-lumache) sono etichettate radicalmente, non solo sono troppo grandi e troppo cariche di ioni per passare attraverso la membrana, in particolare non c'è traccia di loro oltre la giunzione stessa. Quando sono etichettate florealmente, hanno un'ulteriore aggiunta floreale relativamente enorme, ma comunque bloccano completamente tutta la trasmissione, e di nuovo non c'è traccia di loro oltre la giunzione.
Lei non riesce a distinguere tra dove si trovano nella vita e dove si possono trovare dopo la preparazione, cioè presume che non si muovano.
##Domanda 27: Quanto è valido l'uso di agonisti, antagonisti e ligandi per rilevare i recettori, invece dei trasmettitori, ormoni, antigeni, farmaci e tossine stessi?
##Domanda 30: Sono più familiare con Ach, con questa qualifica, noi usiamo più spesso le tossine per identificare i recettori, tuttavia, poiché altri mezzi di identificazione danno risultati che sono gli stessi, sono generalmente accettati come validi.
La prego di citarmi *qualsiasi* documento che utilizza l'acetilcolina per rilevare i recettori dell'acetilcolina, o qualsiasi confronto tra il sito dei recettori dell'acetilcolina, per esempio i recettori della nicotina o della muscarina, istochimicamente mediante marcatori, o mediante microscopia elettronica.
##Domanda 30: La teoria chimica della trasmissione sinaptica contiene ipotesi indimostrabili e non dimostrate?
#Presumo che lei creda che sia così, dato che questa è la prima volta che ho sentito parlare di forti riserve su questa teoria, le dispiacerebbe illuminarmi?
Si veda Hillman (1991) Phys & Med N.M.R. per *22* ipotesi, molte delle quali indimostrabili e non dimostrabili.
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Da: Richard Kondo < />
Newsgroups: bionet.cellbiol,bionet.neuroscience
Oggetto: Re: * DOMANDE SENZA RISPOSTA: RISPOSTA *
Data: Lun, 10 Giu 1996
Organizzazione: UCLA Cardiovascular Research Lab
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# 1. La scortesia, le supposizioni di ignoranza e le osservazioni emotive non sostituiscono
# sostituiscono le argomentazioni e le prove misurate. Ciascuna di queste domande
# evidenzia una contraddizione *all'interno* dei punti di vista attuali; per esempio,
# (a) tutti sono d'accordo che i movimenti intracellulari possono essere visti
# microscopia ottica a bassa potenza nelle cellule viventi, eppure la maggior parte delle persone
# credono che ci sia un citoscheletro, che non permetterebbe tali
# movimenti;
resto cancellato.
Al contrario, il citoscheletro è molto probabilmente essenziale per il movimento intracellulare degli organelli. Il ruolo dei microtubuli, delle proteine strutturali associate e dei motori proteici guidati dall'ATP, kinesina e dineina, è stato chiarito negli ultimi 15 anni.
Brady et al., (1982) Science 'Fast axonal transport in extruded axoplasm from giant squid axon' 218:1129-31.
Hayden et al., (1983) Cell Motility 'Cytoplasmic transport in keratocytes: direct visualization of particle translocation along microtubules' 3:1-19
Schnapp et al., (1985) Cell "I microtubuli singoli dell'assoplasma singolo supportano il movimento bidirezionale degli organelli" 40:455-62
Vale et al., (1985) Cell "Identificazione di una nuova proteina generatrice di forza, la chinesina, coinvolta nella motilità basata sui microtubuli" 42:39-50
Sheetz et al., (1987) Annals of New York Academy of Sciences, 'Movement of vesicles on microtubules' 493:409-16
Schnapp e Reese (1989) PNAS "Dynein is the motor for retrograde axonal transport of organelles" 85:1548-52.
Ti sto inviando il mio articolo (Hillman, 1991) 'Alcune considerazioni microscopiche sulla struttura cellulare - luce contro microscopia elettronica' Microscopia *36*, 557-576, che tratta questa questione in dettaglio.
Nel frattempo, alcune osservazioni. Sono sicuro che avete visto micrografie di reti di tubulina, vimentina, spectrina, reticolo endoplasmatico, microtrabecole e actina. In questi *non* si vedono lisosomi, corpi di Golgi o mitocondri, e con *tutti* questi elementi insieme, non permetterebbero *abbastanza spazio* per corpi relativamente grandi di muoversi. L'ipotesi che, per esempio, l'actina possa tirare i mitocondri richiede un meccanismo e degli attacchi tutto intorno ai mitocondri *e ad altre strutture*, altrimenti non potrebbero tirare. La risoluzione massima del microscopio ottico con cui si vedono i movimenti intracellulari nelle cellule viventi è di 200-250 nm, ma i microscopisti elettronici li descrivono come 25 nm. Quindi i microtubuli non sono le stesse strutture; questo vale anche per quelli che si crede siano i fusi che tirano i cromosomi ai poli durante la divisione cellulare. L'ipotesi che il citoscheletro tiri, per esempio i mitocondri, ignora la possibilità, più semplice, che il movimento browniano, la diffusione, il flusso, i movimenti di convezione (che non richiedono meccanismi biologici) avvengano in granuli sottili nel fluido.
Harold Hillman.
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Da: Cornelius Krasel. Dipartimento di Farmacologia
Newsgroups: bionet.cellbiol
Subject: Re: UNANSWERED QUESTIONS
Data: 28 maggio 1996
Organizzazione: CC Università di Hohenheim (non responsabile dei contenuti)
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#Nella mia umile opinione: bel troll. Credo che tu cerchi qualcuno che ti faccia i compiti.
#Allora, potrei sbagliarmi. Ho scelto solo alcune domande che ho ritenuto interessanti o divertenti. Nota che non sono un neurobiologo, quindi non mi sento competente per rispondere a queste domande.
## Domanda 3: Perché si suppone che l'omogeneizzazione e la centrifugazione non cambino l'entropia, e quindi l'energia libera e gli equilibri delle reazioni nelle particelle subcellulari? Perché non si fanno sempre controlli per il frazionamento subcellulare, tranne che per i recuperi totali rispetto agli omogenati grezzi?
#Per quanto ne so, è molto difficile quantificare la termodinamica di sistemi complessi come le cellule viventi. Tuttavia, lei implica che l'omogeneizzazione non cambia l'entropia, il che è certamente sbagliato. La comunità scientifica è ben consapevole di questo problema.
Nessuno ha mai pubblicato controlli per il frazionamento subcellulare, come elencato in Hillman (1972). Al contrario, l'omogeneizzazione *cambia* l'entropia.
## Domanda 5: La scoperta che una sostanza o attività chimica si trova nella stessa frazione subcellulare e in una struttura identificata al microscopio elettronico significa che la stessa attività chimica si trovava in quel particolare organello nella cellula vivente dell'animale o della pianta intatta?
#Probabilmente dipende dal tipo di "struttura". Per quanto ne so, gli enzimi non possono essere visualizzati al microscopio elettronico finché non si usa la loro attività enzimatica per una colorazione. (So che per esempio le molecole di miosina *possono* essere visualizzate, ma non in un contesto cellulare).
Non hai risposto a questa domanda.
## Domanda 6: Come è possibile il movimento intracellulare, e la viscosità citoplasmatica è bassa nella vita, se è presente un citoscheletro?
#AFAIK, la viscosità citoplasmatica è considerata alta.
Non hai risposto a questa domanda.
## Domanda 7: Dove avvengono la sintesi proteica e l'idrolisi acida nelle cellule in cui non si vedono ribosomi e lisosomi?
## Ci sono cellule che sintetizzano proteine e non hanno ribosomi? Esempi per favore.
Tutte le cellule sintetizzano proteine, in molte non si vedono i ribosomi, per esempio i muscoli.
## Domanda 16: Si può conoscere lo spessore in vita di qualsiasi membrana biologica?
#Sì -- usare l'AFM su oggetti viventi.
Perché tutte le misurazioni nei libri sono misurate da micrografie elettroniche a trasmissione o da depositi su tessuti morti e disidratati?
## Domanda 20: Cos'è il trasporto?
#Consulta il tuo Webster's :-)
Cosa c'è di sbagliato nella diffusione?
## Domanda 21: Perché i recettori e i canali, che sono stati caratterizzati, sequenziati e le loro dimensioni misurate o calcolate, non si vedono sulle membrane al microscopio elettronico a trasmissione?
## Troppo piccoli.
Ogni settimana in Nature, Science, Molecular Biology ecc. si vedono sequenze di molecole 3x la larghezza della membrana cellulare, viste da em.
## Domanda 22: Può un microscopista elettronico che osserva un deposito di metallo su
## una struttura biologica può ricavare qualche informazione sulla sua chimica?
#Sulla chimica del metallo o sulla chimica della ## struttura biologica?
#struttura?
La struttura biologica, ovviamente.
## Domanda 26: Perché si presume che i recettori per i trasmettitori,
## ormoni, messaggeri, anticorpi, farmaci e tossine siano sulla
## superficie della membrana cellulare?
#Per il beta2-AR:
#1) Prove dall'uso di ligandi idrofili.
#2) Prove dalla mappatura degli epitopi.
#3) Prove da studi di fusione AP.
#4) Prove dall'accessibilità della proteasi.
#5) Prove dalla microscopia immunoelettronica.
Supponete che la diffusione non avvenga durante l'omogeneizzazione, la centrifugazione, la fissazione, la disidratazione, l'inclusione, ecc.
## Domanda 27: Quanto è valido l'uso di agonisti, antagonisti e
## ligandi per rilevare i recettori, invece dei trasmettitori, ormoni, antigeni, farmaci e tossine stessi?
## Mi hai perso qui. Qual è la differenza tra certi ligandi, agonisti
#e trasmettitori?
Perché non usare ach, adrenalina, gaba o glutammato per cercare i loro *propri* recettori - perché usare i ligandi, che sono sostanze diverse?
## Domanda 32: Come è possibile il movimento intracellulare, e perché
## la viscosità del citoplasma è così bassa nella cellula intatta, se c'è
## c'è un citoscheletro?
## Vedi sopra (non era la domanda 6?).
Scusa
## Domanda 33: Se i pori nucleari permettono il passaggio dell'RNA, come fanno
## impediscono il passaggio di molecole più piccole e di ioni allo stesso tempo,
## e perché c'è una differenza di potenziale attraverso la membrana nucleare?
## Non lo sappiamo ancora. Se puoi contribuire a risolvere questo problema,
## più potere a te.
I pori nucleari sono artefatti. Vedi Hillman & Sartory (1980).
## Domanda 34: Qual è la prova che ogni cellula di una particolare
## pianta o animale contiene la stessa quantità di DNA?
## Onestamente, non lo so.
Questa è una *assunzione*.
## Domanda 35: Se la membrana cellulare è meccanicamente fluida, come possono le cellule
## mantenere la loro integrità?
## Perché un bilayer fluido è intrinsecamente stabile.
Il vetro è un *solido* meccanicamente ma un fluido fisico-chimico.
## Domanda 36: Nell'immunocitochimica, si presume che i fissativi,
## reagenti disidratanti, lavaggi e anticorpi primari e secondari, non cambino la reazione dell'anticorpo all'antigene
## ritenuto presente in una particolare cellula o parte di essa?
## Sì. Ecco perché molti anticorpi non funzionano nell'immunocitochimica.
Quasi tutta l'immunocitochimica è fatta su sezioni fisse, disidratate e montate.
## Domanda 45: Se ogni cellula di un organismo contiene lo stesso DNA,
## ma alcune producono proteine diverse, l'esistenza di
## geni soppressori è l'unica spiegazione possibile per la
## differenza delle proteine?
#Probabilmente no. Ci sono sempre mille spiegazioni per un dato fatto.
D'accordo
## Domanda 46: Nelle malattie ritenute auto-immuni, sia
## organo-specifiche o tessuto-specifiche, perché il corpo non rigetta
## l'organo o il tessuto specifico, come rigetta i cuori
## cuore trapiantato, o il sangue del gruppo sbagliato, spesso
## rendendo i pazienti malati, o addirittura uccidendoli?
## Lo fa. Ecco da dove può venire il diabete di tipo I.
Se il diabete fosse autoimmune, come fanno le isole a continuare ad esistere in quella condizione?
## Domanda 47: Perché si usano proteine pure per la calibrazione, quando
## diversi tessuti contengono diverse miscele di proteine, che
## hanno curve di calibrazione diverse?
## Che tipo di calibrazione?
Ogni volta che si misurano le proteine nei tessuti o si riferiscono le misure alle proteine.
#--Cornelius.
Da: krasel@wpxx02.toxi.uni-wuerzburg.de (Cornelius Krasel)
Subject: Re: * DOMANDE SENZA RISPOSTA: RISPOSTA *
Data: 7 giugno 1996
## 1. La scortesia, le supposizioni di ignoranza e le osservazioni emotive non sostituiscono
## sostituiscono argomenti e prove misurate. Ognuna di queste domande
## evidenzia una contraddizione *all'interno* delle opinioni correnti; per esempio,
## (a) tutti sono d'accordo che i movimenti intracellulari possono essere visti con
## microscopia ottica a bassa potenza nelle cellule viventi, eppure la maggior parte delle persone
## credono che ci sia un citoscheletro, che non permetterebbe tali
## movimenti;
Non riesco ancora a capire perché un citoscheletro non permetterebbe movimenti ## intracellulari.
#movimenti intracellulari. Infatti, è stato dimostrato che almeno alcuni movimenti intracellulari
#movimenti intracellulari come quelli dei mitocondri sono basati sull'esistenza di un
#citoscheletro.
(i) Perché il citoplasma è troppo pieno di citoscheletro.
(ii) Perché le piccole particelle si muovono senza actina, ad esempio per diffusione, movimento browniano, streaming e convezione.
(iii) Abbiamo portato molte prove in Hillman e Sartory (1980)'The Living Cell'.
## (b) la maggior parte delle persone crede nella Seconda Legge della Termodinamica, eppure nel frazionamento subcellulare cambiano l'entropia dei loro sistemi (omogeneizzare e centrifugare), e assumono che questo non cambi l'energia libera, che guida tutte le reazioni biochimiche che stanno studiando,
#Sbagliato. Come detto prima, la maggior parte dei biochimici è consapevole del fatto che
#la distruzione di una cellula vivente cambia l'entropia del sistema.
#Tuttavia, è molto difficile, se non impossibile, ricostituire un
#sistema con la stessa entropia (poiché è difficile se non impossibile
#quantitare effettivamente questa entropia).
Perché usare tecniche distruttive?
## (c) la maggior parte delle persone sarebbe d'accordo che le leggi della geometria solida devono essere obbedite, mentre nelle loro micrografie elettroniche - al contrario dei loro diagrammi - non vedono una selezione casuale di orientamenti, comprese le viste oblique di membrane cellulari, membrane nucleari, lamelle mieliniche, sinapsi, pori nucleari, ecc.
#Non sono esperto di microscopia elettronica, quindi lascio questo per lo più ad altri. Tuttavia, mi sembra abbastanza ovvio che una sezione seriale di una cellula incorporata produrrebbe, per esempio, alcune sezioni in cui la membrana cellulare è colpita nel suo piano (assumendo che questo è ciò che si intende con "vista obliqua"); tuttavia, una tale immagine non darebbe molte informazioni e quindi non viene pubblicata.
Qualsiasi sezione di una cellula intera dovrebbe mostrare organelli in orientamenti casuali. Le membrane "unitarie", i pori nucleari e le lamelle mieliniche non lo sono.
## 2. Nelle mie pubblicazioni citate, e in circa 120 altri articoli completi, ho dimostrato, in dettaglio, con prove:
## (a) Che non si possono ancora trarre conclusioni dal frazionamento subcellulare sulla chimica degli organelli, che sono rilevanti per i loro stati originali negli organismi viventi intatti;
#Dato che non ho il tempo di cercare le sue pubblicazioni, sarebbe forse carino riassumere cosa l'ha portata a queste conclusioni.
La seconda legge della termodinamica
## (b) Che le seguenti strutture non esistono nelle cellule viventi: reticoli endoplasmatici, corpi di Golgi, lisosomi, pori nucleari, criste mitocondriali, il citoscheletro, i filamenti di actina e le manopole sinaptiche, o perché non permetterebbero gli evidenti movimenti intracellulari, o perché disobbediscono alle leggi della geometria solida.
#Credo che le tue "leggi della geometria solida" abbiano bisogno di una rivalutazione. È abbastanza ovvio che il citoscheletro non solo permette il movimento intracellulare, ma è necessario per esso.
Euclide ha inventato le leggi della geometria, non Hillman
## Le molecole e i recettori transmembrana non possono essere visti sulle membrane cellulari con la microscopia elettronica a trasmissione, anche se il sequenziamento mostra che sono 2-3 volte il diametro della membrana cellulare, che *può* essere vista con la microscopia elettronica; La membrana cellulare può essere vista solo nella microscopia elettronica a trasmissione perché le cellule sono fissate con materiale denso di elettroni con alta affinità per i lipidi; le molecole della membrana cellulare *e* transmembrana possono essere visualizzate, per esempio, con la microscopia a forza atomica su cellule vive o la microscopia elettronica a frattura.
## Perché non possono essere viste come lacune se i materiali densi di elettroni non le colorano?
#[roba neuronale tagliata e domande filosofiche]
#Purtroppo non posso rispondere alle ipotesi che lei ha avanzato, dato che la nostra biblioteca non sembra avere nessuno dei libri che lei ha dato né nessuna delle riviste in cui ha pubblicato dal 1990 (ho fatto una rapida ricerca su Medline per controllarle). Sarei interessato a riferimenti più vecchi che potrebbero essere stati pubblicati in riviste più "mainstream" :-)
#Commenterò più tardi le questioni sollevate nella tua e-mail.
Sarei lieto di inviarle delle ristampe su qualsiasi domanda particolare.
Harold Hillman.
ha risposto alle domande
Cornelius Krasel, krasel@wpxx02.toxi.uni-wuerzburg.de
Oggetto: Re: Domande senza risposta
Data: Mer, 19 Jun 1996
Scusa per la risposta tardiva.
#### Domanda 3: Perché si presume che l'omogeneizzazione e la centrifugazione
#### non cambino l'entropia, e quindi l'energia libera e
#### gli equilibri delle reazioni nelle particelle subcellulari? Perché non vengono
#### controlli sempre effettuati per il frazionamento subcellulare, tranne
#### per i recuperi totali rispetto agli omogenati grezzi?
###
### Per quanto ne so, è molto difficile quantificare la termodinamica
### di sistemi complessi come le cellule viventi. Tuttavia, lei implica che
### l'omogeneizzazione non cambia l'entropia, il che è certamente
### sbagliato. La comunità scientifica è ben consapevole di questo problema.
##
## Nessuno ha mai pubblicato controlli per il frazionamento subcellulare, come
## elencati in Hillman (1972). Al contrario, l'omogeneizzazione *fa* cambiare
## l'entropia.
## Questo è quello che ho detto.
È difficile calcolare l'energia, quindi bisogna controllare gli esperimenti. In Hillman H (1972) 'Certainty and Uncertainty in Biochemical Techniques', Surrey University Press, Henley on Thames, ho elencato 7 diversi tipi di controllo. L'omogeneizzazione, la centrifugazione, la purificazione cambiano l'entropia, quindi l'energia libera, che guida le reazioni biochimiche.
Quindi è una procedura illegale senza controlli!
#### Domanda 5: La scoperta che una sostanza o attività chimica
#### si trova nella stessa frazione subcellulare e in una struttura identificata dalla microscopia elettronica significa che la stessa attività chimica
#### si trovava in quel particolare organello nella cellula vivente del
#### animale o pianta intatta.
###
### Probabilmente dipende dal tipo di "struttura". AFAIK, gli enzimi non possono essere
### visualizzati al microscopio elettronico finché non si usa la loro attività enzimatica
### attività enzimatica per una colorazione. (So che per esempio le molecole di miosina *possono* essere
### visualizzate, ma non in un contesto cellulare).
Perché le molecole di miosina non possono essere viste nelle cellule, se possono essere viste al microscopio elettronico e se ci sono?
## Non hai risposto a questa domanda.
## Allora, qual è la tua domanda? Se trovo un'attività enzimatica in una frazione subcellulare
#che ho identificato come Golgi in precedenza, e posso anche
#localizzare l'attività nel Golgi con la microscopia immunelettronica, per esempio,
#la probabilità è alta che l'enzima si trovi effettivamente nel Golgi.
#Se ho capito male la domanda, per favore prova a riformularla.
Il frazionamento subcellulare è usato per localizzare le *attività* degli enzimi, partendo dal presupposto che la procedura non cambia l'*attività* o la localizzazione - quest'ultima presuppone che non si verifichi la diffusione.
#### Domanda 6: Come è possibile il movimento intracellulare, e la viscosità citoplasmatica
#### viscosità è bassa nella vita, se è presente un citoscheletro?
###
### AFAIK, la viscosità citoplasmatica è considerata alta.
##
## Non hai risposto a questa domanda.
## Lei sostiene che la viscosità citoplasmatica è bassa nella vita. Non lo è.
La viscosità citoplasmatica è bassa. Vedi Hillman & Sartory (1980) The Living Cell, Packard, Chichester, pp 55-57; la viscosità nel citoplasma è solitamente inferiore a quella del glicerolo.
#### Domanda 7: Dove avvengono la sintesi proteica e l'idrolisi acida in
#### cellule in cui non si vedono ribosomi e lisosomi?
###
### Ci sono cellule che sintetizzano proteine e non hanno ribosomi?
### Esempi per favore.
##
## Tutte le cellule sintetizzano proteine, in molte non si vedono i ribosomi, per esempio
## muscolo.
#È possibile localizzare le proteine ribosomiali in queste cellule tramite
#frazionamento cellulare o immunoblotting? Oppure è possibile isolare i ribosomi
#per frazionamento cellulare? Se sì, ci sono ribosomi - solo che non puoi
#vedere in EM a causa di qualsiasi motivo (non sono un elettrone
#microscopista, quindi non so se è davvero impossibile vedere i ribosomi nelle cellule muscolari).
Si ritiene che l'attività "ribosomiale" sia la sintesi proteica nei ribosomi. Tutte le cellule sintetizzano proteine, compresi i procarioti, dove i ribosomi non possono essere visti.
#### Domanda 16: Si può conoscere lo spessore in vita di una qualsiasi
#### membrana?
###
### Sì -- usa l'AFM su oggetti viventi.
Si prega di scrivere "AFM".
## Perché tutte le misure nei libri sono misurate da micrografie elettroniche a trasmissione
## micrografie o depositi su tessuti morti e disidratati?
## Perché l'AFM è una tecnica relativamente nuova (circa dieci anni). Tuttavia,
#le misure AFM si correlano bene con le misure date nei libri derivate da
#altre tecniche.
Tutti i dati in letteratura sullo spessore della membrana cellulare sono tratti dalla diffrazione a basso angolo o dalla microscopia elettronica a trasmissione.
#### Domanda 20: Cos'è il trasporto?
###
### Consulta il tuo Webster's :-)
##
## Cosa c'è di sbagliato nella diffusione?
### Il trasporto di membrana, come probabilmente sai, può essere classificato in facilitato
#diffusione e trasporto attivo. Il trasporto è un movimento contro una concentrazione
#gradiente e ha bisogno di energia per essere realizzato (ATP o gradienti ionici).
Il "trasporto" è un termine vago, che significa solo movimento - non necessariamente attraverso le membrane. Il rasoio di Occam incoraggia a considerare che il movimento sia per diffusione, movimento browniano, convezione, *prima* di considerare qualsiasi altro processo, che - se si sostiene che sia unico - dovrebbe essere più veloce o più lento di tutti i precedenti messi insieme.
#### Domanda 21: Perché i recettori e i canali, che sono stati
#### caratterizzati, sequenziati e le loro dimensioni misurate o calcolate, non si vedono
#### sulle membrane con la microscopia elettronica a trasmissione?
###
### Troppo piccoli.
##
## Ogni settimana in Nature, Science, Molecular Biology ecc. si vede il sequenziamento
## di molecole 3x la larghezza della membrana cellulare, viste da em.
## È abbastanza facile visualizzare quantità concentrate di macromolecole.
#Guarda il documento di Unwin sui recettori nicotinici dell'acetilcolina di
#Gli organi elettrici dello scorpione. Tuttavia, i recettori comuni, come la maggior parte
#G-protein-coupled, sono troppo rari per essere distinguibili dal rumore. Il
rapporto #segnale-rumore è molto più alto nell'AFM.
Il recettore nicotinico ach di Unwin è il *solo* che qualcuno ha preteso di vedere. Dove sono gli altri?
#Inoltre, la trasmissione EM non visualizza la membrana in statu nascendi
#(AFAIK) ma materiale denso di elettroni (tetrossido di osmio, è corretto?) che capita di macchiare i lipidi.
Se le grandi molecole sono presenti, ma non macchiate, ci dovrebbe essere uno spazio intorno a loro di materiale non macchiato - *non c'è*.
#### Domanda 22: Può un microscopista elettronico che osserva un deposito di metallo su
#### una struttura biologica può ricavare qualche informazione sulla sua chimica?
###
### Sulla chimica del metallo o sulla chimica della struttura biologica
### struttura?
##
## La struttura biologica, naturalmente.
Non può, guarda il metallo pesante.
### Se pensi in termini di composizione chimica, è difficile. Mi è stato
#detto che con STM è possibile vedere la composizione chimica di
#superfici. Tuttavia, un microscopista elettronico non sarà in grado di dire
#molto sulla composizione atomica delle sue immagini colorate per diversi motivi.
#Quindi, la risposta globale sarebbe no.
#### Domanda 26: Perché si presume che i recettori per i trasmettitori,
#### ormoni, messaggeri, anticorpi, farmaci e tossine sono sulla
#### superficie della membrana cellulare?
###
### Per il beta2-AR:
### 1) Prove dall'uso di ligandi idrofili.
### 2) Prove dalla mappatura degli epitopi.
### 3) Prove da studi di fusione AP.
### 4) Prove dall'accessibilità della proteasi.
### 5) Prove dalla microscopia immunoelettronica.
##
## Stai assumendo che la diffusione non avvenga durante l'omogeneizzazione,
## centrifugazione, fissazione, disidratazione, inclusione, ecc.
#Alcuni di questi esperimenti, ad esempio gli esperimenti di legame con i ligandi, sono
#fatti con cellule intere. Lo stesso vale per la scissione della proteasi e l'epitopo
#mappatura.
#Come altri hanno sottolineato, ci sono anche recettori che non sono
#localizzati nelle membrane (ad esempio per gli ormoni steroidei). Ci sono anche
#recettori in membrane interne, o recettori che sono in bicicletta
#tra diversi compartimenti (per esempio il recettore della transferrina).
C'è ancora la domanda sul perché queste grandi macro-molecole di cui si conosce la dimensione sono rappresentate *nei diagrammi* come 2-3 x larghezza della membrana cellulare non sono (eccetto quelle di Unwin) viste dalla microscopia elettronica a trasmissione.
Le localizzazioni sono di solito fatte tramite microscopia di tessuti disidratati o frazionamento subcellulare in entrambi i quali la diffusione *deve* avvenire quindi non si può decidere la localizzazione.
#### Domanda 27: Quanto è valido l'uso di agonisti, antagonisti e
#### ligandi per individuare i recettori, invece dei trasmettitori, ormoni, antigeni, farmaci e tossine stessi?
###
### Qui mi hai perso. Qual è la differenza tra certi ligandi, agonisti
### e trasmettitori?
##
### Perché non usare ach, adrenalina, gaba o glutammato per cercare i loro *propri*
## recettori - perché usare i ligandi, che sono sostanze diverse?
### Certo che puoi usare l'adrenalina per cercare i recettori adrenergici. Tuttavia,
#si lega in modo abbastanza aspecifico a diversi recettori. Altri ligandi si legano
#più specificamente, e dato che la gente di solito è interessata alle
#proprietà di un recettore, usano ligandi specifici per esso. (Ma
anche l'#adrenalina è un ligando per questi recettori).
Certo, si può usare l'adrenalina per cercare i recettori dell'adrenalina. Allora *perché* la gente *non*?
#### Domanda 33: Se i pori nucleari permettono il passaggio dell'RNA, come fanno
#### impediscono il passaggio di molecole più piccole e di ioni allo stesso tempo,
#### e perché c'è una differenza di potenziale attraverso la membrana nucleare?
###
### Non lo sappiamo ancora. Se puoi contribuire a risolvere questo problema,
### più potere a te.
##
## I pori nucleari sono artefatti. Vedi Hillman & Sartory (1980).
### Non lo so. Altre persone sembrano avere altre opinioni.
È una questione di prove, non solo di opinioni.
#### Domanda 34: Qual è la prova che ogni cellula di una particolare
#### pianta o animale contiene la stessa quantità di DNA?
###
### Onestamente, non lo so.
##
## Questa è una *assunzione*.
### ## Supponi che ogni cellula contenga la stessa quantità di cromosomi?
Io non lo farei. Non è stato provato. È una supposizione.
### Penso che questo sia stato dimostrato molto bene. D'altra parte, il politene
#cromosomi contengono certamente più DNA dei cromosomi normali, quindi
#ci sono cellule che contengono più DNA di altre. Inoltre, le cellule in cui
#cromosomi sono difettosi contengono diverse quantità di DNA rispetto a
#cellule "normali".
Non sono d'accordo che si debba continuare ad accettare una supposizione non dimostrata.
#### Domanda 35: Se la membrana cellulare è meccanicamente fluida, come possono le cellule
#### mantenere la loro integrità?
###
### Perché un bilayer fluido è intrinsecamente stabile.
##
## Il vetro è un *solido* meccanicamente ma un fluido fisico-chimico.
#### Mi hai perso qui.
Quali prove ci sono a parte la *credenza* che la membrana cellulare sia un bilayer fluido?
#### Domanda 36: Nell'immunocitochimica, si presume che i fissatori,
#### reagenti disidratanti, lavaggi e anticorpi primari e secondari, non cambino la reazione dell'anticorpo all'antigene
#### che si ritiene si trovi in una particolare cellula o parte di essa?
###
### Sì. Ecco perché molti anticorpi non funzionano nell'immunocitochimica.
##
## Quasi tutta l'immunocitochimica viene fatta su sezioni fisse, disidratate e
## montate.
## Lo so. E allora?
Quindi, si assume che il fissativo disidratante e l'agente di montaggio non influenzino la reazione antigene-anticorpo - un'assunzione non testata e molto improbabile.
#### Domanda 46: Nelle malattie ritenute auto-immuni, sia
#### organo-specifiche o tessuto-specifiche, perché il corpo non rigetta
#### l'organo o il tessuto specifico, come rigetta i cuori
#### cuore trapiantato, o il sangue del gruppo sbagliato, spesso
#### facendo ammalare i pazienti, o addirittura uccidendoli?
###
### Lo fa. Ecco da dove può venire il diabete di tipo I.
##
## Se il diabete fosse autoimmune, come fanno le isole a continuare ad esistere
## in quella condizione?
## Non conosco il meccanismo esatto del diabete di tipo I ma c'è stato
## recentemente pubblicata una recensione su di esso come una malattia autoimmune in Cell.
#(Non ho ancora avuto tempo di leggerla).
Non riesco a capire perché qualcuno sostiene che una malattia sia autoimmune se gli organi principali, ad esempio le articolazioni, le isole di Langerhans, il cervello (schizofrenia) non vengono *rifiutati*, come lo sarebbe il sangue incompatibile.
## ## Domanda 47: Perché si usano proteine pure per la calibrazione, quando
## ## diversi tessuti contengono diverse miscele di proteine, che
## ## hanno curve di calibrazione diverse?
## #
## ## Che tipo di calibrazione?
##
## Ogni volta che si misurano le proteine nei tessuti o si riferiscono le misure alle proteine.
### Intendi la quantificazione delle proteine? Io uso la BSA nei miei saggi Bradford solo perché
## è conveniente. Tutti sanno che l'ovoalbumina dà una curva completamente diversa
#curva standard. È solo per standardizzare il test a *qualcosa*.
Quello che si deve fare è una curva di recupero separata con la tua sieroalbumina bovina per *ogni* frazione.
Dottor Krasel, le manderò una copia di uno dei nostri libri, 'The Living Cell', perché è fuori stampa.
Harold Hillman.
Da: Cornelius Krasel
Subject: Re: Domande senza risposta
Date: Gio, 27 Jun 1996
Di nuovo mi scuso per aver risposto così tardi, ma sono stato abbastanza occupato (probabilmente è quello che dicono tutti gli scienziati :-)
# (iii) Abbiamo portato molte prove in Hillman e Sartory (1980)
## "La cellula vivente".
Ti ho recentemente inviato una serie di risposte, e una copia di 'The Living Cell'. In quest'ultimo, cito delle cifre che mostrano che la velocità intracellulare è *bassa*.
Non conosco questo documento. Sono consapevole del movimento browniano, ma come dici tu, è probabile che sia sostanzialmente ridotto a causa dell'alta viscosità # del citoplasma. Non credo nemmeno che il trasporto di organelli tramite microtubuli sia stato dimostrato in cellule viventi, ma la dinamica dei microtubuli è stata osservata in cellule viventi iniettando loro tubulina marcata con fluorescenza (che è inclusa nei microtubuli) e guardando le cellule nel tempo con un microscopio a fluorescenza. Immagini di questo possono essere trovate in Alberts et al, Molecular biology of the cell, che fornisce anche riferimenti. Quindi, a meno che tu non possa *provare* il contrario, non credo che la tua argomentazione sia valida (mi è stato insegnato che l'argomentazione di buon senso non vale molto nella scienza :-).
Albers mostra la tubulina, e altri mostrano vimentina, spectrina, actina, microfilamenti, microtrabecole.
Come ho dimostrato, (i) le strutture che si muovono sono molto più grandi delle distanze tra le fibre (ii) i mitocondri (corpi di Golgi) (lisosomi) non si vedono *tra le fibre*.
## Perché usare tecniche distruttive?
## Perché è difficile esplorare le cellule senza tecniche non invasive?
#(Francamente, non ci sono molte tecniche non invasive che conosco. C'è l'uso di pinzette ottiche; c'è l'AFM; c'è la microscopia a immunfluorescenza, ma solo in determinate circostanze. Conti le tecniche di patch-clamp come non invasive)?
C'è un gran numero di esperimenti, microdissezione, procarioti, colture di tessuti, esperimenti in vivo, finestre ecc. (vedi Hillman 1991, il caso dei nuovi paradigmi in biologia cellulare e neurobiologia).
## Qualsiasi sezione di una cellula intera dovrebbe mostrare organelli in orientamenti casuali
## orientamenti casuali. Le membrane "unitarie", i pori nucleari e le lamelle mieliniche
## lamelle non lo sono.
#Come detto, non ho mai fatto microscopia elettronica. Pertanto, non
#sapere quanto siano comuni le viste "non ortodosse" di una cellula e dei suoi organelli.
#Tuttavia, non credo che sia possibile concludere da dati pubblicati
#figure che la media delle micrografie elettroniche sia simile. Queste figure
#sono state selezionate per chiarezza, per sottolineare un certo punto.
Per favore, ditemi *una* pubblicazione che mostri una lamella di reticolo endoplasmatico o di membrana cellulare nel piano della sezione.
#Recentemente mi sono imbattuto in un documento che mostra volutamente le membrane cellulari (cioè
#membrane "unitarie") in piano:
#@article{montesano:82,
# autore = {R. Montesano and J. Roth and A. Robert and L. Orci},
# title = {Le invaginazioni della membrana non rivestita sono coinvolte nel
# nel legame e nell'internalizzazione della tossina del colera e del tetano,}
# journal = {Nature},
# volume = 296,
# pages = {651--653},
# year = 1982}
Lo cercherò e commenterò più tardi
#Tuttavia, anche dalle leggi della geometria dovrebbe essere chiaro che una membrana
#sarà molto più spesso visualizzata come una sezione. Cioè, supponiamo che
#l'orientamento della membrana sia casuale (il che è quasi certamente sbagliato). Allora
#anche un taglio attraverso una membrana che si trova ad un grado di 450 rispetto al piano
#del taglio mostrerebbe una membrana unitaria "fuzzy", fuzzy, perché i due
#fogli della membrana sarebbero più larghi del solito.
Le leggi della geometria impongono che una membrana e qualsiasi struttura si veda in tutti gli orientamenti, perché il tessuto non sa da quale direzione il microtomo taglierà. I pori nucleari sono visti in sezione come fessure in vista laterale e cerchi in vista frontale, ma *mai* in elissi o ovali intermedi. Nelle cosiddette frazioni di pori - sono sempre cerchi, *mai* qualsiasi altro orientamento. per esempio cerchi di dimensioni diverse, ovali, elissi. Questo è impossibile in geometria.
## ## 2. Nelle mie pubblicazioni citate, e in circa 120 altri articoli completi
## ## paper, ho dimostrato, in dettaglio, con prove:
## ## (a) Che non si possono ancora trarre conclusioni dal frazionamento subcellulare
## ## frazionamento sulla chimica degli organelli, che sono rilevanti
## ## ai loro stati originali negli organismi viventi intatti;
## #
## #Siccome non ho il tempo di cercare le tue pubblicazioni, sarebbe
## ## sarebbe forse carino riassumere ciò che l'ha portata a queste conclusioni.
##
## La seconda legge della termodinamica
## Una risposta molto precisa. Forse potrebbe approfondire un po'.
Dato che sei d'accordo che l'omogeneizzazione, la centrifugazione e la separazione *tutte* cambiano l'entropia. Quindi l'energia libera, che guida le reazioni biochimiche, non dovreste effettuare queste manovre e *assumere* che l'attività di un enzima non venga modificata o trasferita. Quindi i risultati degli esperimenti di frazionamento subcellulare non sono validi finché non si fanno i controlli.
## ## (b) Che le seguenti strutture non esistono nei viventi
## ## cellule: reticolo endoplasmatico, corpi di Golgi, lisosomi, pori nucleari,
## le criste mitocondriali, il citoscheletro, i filamenti di actina e le manopole sinaptiche, sia perché non permetterebbero gli evidenti movimenti intracellulari, sia perché disobbediscono alle leggi della geometria solida.
## ## geometria.
## #
## ## Penso che le tue "leggi della geometria solida" abbiano bisogno di una rivalutazione. È abbastanza
## evidente che il citoscheletro non solo permette il movimento intracellulare,
## ma è necessario per esso.
##
## Euclide ha inventato le leggi della geometria, non Hillman.
#Euclide ha scoperto leggi applicabili in un contesto matematico, non in
#una cellula vivente.
Dottor Krasel. Mi dispiace che lei pensi che le leggi della geometria non siano applicabili alle cellule viventi. È così.
## #La membrana cellulare può essere vista solo in microscopia elettronica a trasmissione
## #perché le cellule sono fissate con materiale denso di elettroni ad alta
## #affinità per i lipidi; le molecole della membrana cellulare *e* transmembrana
## #possono essere visualizzate, per esempio, con la microscopia a forza atomica su
## #cellule o con la microscopia elettronica a frattura lenta.
##
## Perché non possono essere visti come lacune se i materiali densi di elettroni
## non li macchiano?
## Non credo che la colorazione di un vetrino sia una procedura molto precisa. Perché
#si possono vedere i recettori transmembrana nella microscopia a frattura lenta
#delle membrane cellulari? Perché si possono vedere nell'AFM? Perché si possono vedere
#con la microscopia immunelettronica o l'immunofluorescenza (anche su
#cellule viventi)?
Penso che lei stia dicendo che le molecole di transmembrana sono lì, ma non possono essere viste. L'ipotesi più semplice per non essere in grado di vederle è che esse *non* ci siano.
#Se hai pubblicato una panoramica o un riassunto delle tue idee, mi piacerebbe
#apprezzerei una ristampa di quel particolare articolo. Preferirei
#questo sopra il lavoro ad una domanda particolare per avere una migliore comprensione delle tue
#idee, per esempio, perché la 2a legge della termodinamica è incompatibile
#con un citoscheletro, secondo te.
La seconda legge non permette il frazionamento. Il citoscheletro è un'altra questione. Si prega di leggere questi come pure di vedere i reprints che ho inviato e le mie ultime risposte.
I migliori auguri
Harold Hillman
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Kevin McKenna
Subject: Re: una selezione di domande senza risposta
Date: Lun, 03 Jun 1996
Organizzazione: Northwestern University, Evanston, IL, US
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#[snip]
## Le seguenti domande non hanno mai avuto una risposta soddisfacente,
## molte delle quali mai del tutto:-
## In realtà, questo è sbagliato. Alla maggior parte di esse è stata data una risposta esauriente.
## Domanda 1: Si può ottenere una frazione arricchita di un
## organello o tipo di cellula?
## Sì.
Si fa il frazionamento subcellulare per studiare la *biochimica* dell'organello assumendo che la procedura non la cambi.
## Domanda 2: Come si fa a sapere che la procedura distruttiva non
## cambia significativamente la biochimica della frazione?
La seconda legge della termodinamica impone che debba
## Non lo si sa a priori. Deve essere stabilito da esperimenti per
## convalidare le procedure.
Tali esperimenti non sono stati *mai*, *mai* pubblicati
## Domanda 3: Perché si suppone che l'omogeneizzazione e la centrifugazione non cambino l'entropia, e quindi l'energia libera e
## gli equilibri delle reazioni nelle particelle subcellulari? Perché non vengono
## controlli sempre effettuati per il frazionamento subcellulare, tranne
## per i recuperi totali rispetto agli omogenati grezzi?
## Chi usa sistemi subcellulari o cell-free che non sono stati validati?
Tutti quelli che fanno il frazionamento subcellulare (vedi Hillman, 1972)
## Domanda 4: Perché si crede che ogni via o ciclo biochimico
## abbia un proprio compartimento strutturale quando i procarioti possono effettuare
## praticamente tutte le stesse reazioni in un solo compartimento?
#Potresti riformulare questa domanda? Stai sostenendo che qualsiasi compartimento
## può mediare qualsiasi funzione?
I procarioti hanno solo *un* compartimento, eppure a tutta la biochimica
## Domanda 5: La scoperta che una sostanza o attività chimica
## si trova nella stessa frazione subcellulare e in una struttura identificata al microscopio elettronico significa che la stessa attività chimica
## si trovava in quel particolare organello nella cellula vivente del
## animale o pianta intatta.
## È certamente un buon punto di partenza.
Questo presuppone che la diffusione non avvenga durante la procedura.
## Domanda 6: Come è possibile il movimento intracellulare, e la
## viscosità citoplasmatica è bassa nella vita, se è presente un citoscheletro?
#Perché la maggior parte del movimento intracellulare è guidato da processi attivi che utilizzano
#il citoscheletro. Alcuni processi sono guidati dalla diffusione, ma non la maggior parte.
La diffusione, il movimento browniano e lo streaming sono guidati da processi attivi?
## Domanda 7: Dove avvengono la sintesi proteica e l'idrolisi acida in
## cellule in cui non si vedono ribosomi e lisosomi?
## Perché queste cellule contengono ancora gli enzimi necessari.
Cioè, le attività biochimiche possono verificarsi in assenza di ribosomi e/o lisosomi
## Domanda 8: Qual è la prova che la frazione microsomiale consiste in membrane cellulari e reticolo endoplasmatico?
#Esame dei costituenti biochimici della frazione e
#esame microscopico elettronico.
La frazione microsomiale appare come cerchi; le membrane sono trilaminari
## Domanda 9: Perché si presume che l'omogeneizzazione e la centrifugazione
## non influenzino la chimica dei recettori, o le loro affinità per
## trasmettitori, ormoni, farmaci, ligandi, tossine?
## Chi lo suppone?
Chiunque esamini i recettori negli omogenati
## Domanda 10: Una particella e un vacuolo possono essere entrambi lisosomi?
## Una particella di cosa?
Qualsiasi particella. Ho dimostrato che i lisosomi sono artefatti.
## Domanda 11: Si possono calibrare sostanze provenienti da tessuti
## usando soluzioni pure in soluzioni saline semplici di circa le stesse
## concentrazioni?
## Talvolta.
Questo presuppone che nessun'altra sostanza nel tessuto influenzi la misurazione.
## Domanda 12: Come si possono studiare le membrane al microscopio elettronico, quando
## si ritiene che contengano lipidi che la procedura estrae?
## Le membrane hanno molti componenti oltre ai lipidi.
Si suppone che circa la metà della membrana sia lipidica, e solubile in acqua
Anche i componenti della membrana saranno estratti
## Domanda 13: Qual è la prova reale che il congelamento rapido per
## microscopia elettronica provoca un minore restringimento e distorsione di tessuti, cellule e organelli, rispetto alla classica microscopia elettronica a trasmissione
## microscopia elettronica a trasmissione?
Nessuno; è una credenza
Domanda 14: Perché coloro che calcolano le dimensioni dalle micrografie ## elettroniche non prendono in considerazione
## micrografie non tengono conto del restringimento durante la preparazione
## e l'esame delle loro sezioni, cellule e organelli?
##
## Domanda 15: Le membrane nelle cellule appaiono normali al piano
## di sezione più spesso di quanto la geometria solida permetterebbe?
#No.
Ogni microscopista elettronico, compreso uno che risponde su Usenet, ha
ammesso che lo facciano.
## Domanda 16: Si può conoscere lo spessore in vita di una qualsiasi
## membrana biologica?
## Sì.
Non sa che i microscopisti elettronici disidratano le cellule prima di esaminarle?
## Domanda 17: Perché dovrebbe essere necessario inclinare il palcoscenico del
## microscopio elettronico per vedere membrane orientate in modo casuale in tutti
## orientamenti, quando questo non è necessario con il microscopio ottico?
Nessuna risposta
## Domanda 18: Come possono i trasportatori assistere il passaggio di ioni, aminoacidi, ecc,
## ecc. attraverso la membrana, quando la combinazione deve essere più grande della
## sostanza trasportata?
## Cosa?
Nessuna risposta
## Domanda 19: Perché sono stati isolati pochi o nessun trasportatore?
## Molti ne hanno.
Si prega di citare questi e la *prova* che sono portatori
## Domanda 20: Cos'è il trasporto?
## Il movimento di sostanze attraverso le membrane attraverso processi passivi, facilitati e
## processi attivi.
Include anche la diffusione, il movimento browniano, lo streaming, la convezione, non necessariamente attraverso le membrane
## Domanda 21: Perché i recettori e i canali, che sono stati caratterizzati, sequenziati e le loro dimensioni misurate o calcolate, non si vedono
## sulle membrane con la microscopia elettronica a trasmissione?
## Perché le loro dimensioni sono piccole rispetto alla risoluzione della tipica EM.
Tutti che sono frequentemente illustrati in Nature, Science e *tutti* i diagrammi di molecole 'transmembrana' sono almeno 2x il diametro della membrana
## Domanda 22: Può un microscopista elettronico che osserva un deposito di metallo su
## una struttura biologica può ricavare qualche informazione sulla sua chimica?
Nessuna risposta
## Domanda 23: Perché le lamelle della guaina mielinica sembrano essere
## distanze uguali tra loro indipendentemente dallo spessore o dalla profondità della
## taglio della sezione longitudinale?
## Perché le lamelle sono a distanze uguali tra loro.
Se si taglia un'arancia al diametro, la sua pelle è sottile; lontano dal diametro, appare più spessa.
## Domanda 24: La distanza di ripetizione delle lamelle nella guaina mielinica
## della guaina mielinica è sufficiente per considerarla un buon modello della
## membrana?
## Un modello per quale aspetto della funzione della membrana?
Struttura in *tutti* i libri di testo
## Domanda 25: Poiché si ritiene che la guaina mielinica sia costituita da un
## rotolo di membrane, e le membrane appaiono più scure al microscopio ottico del citoplasma, perché la guaina mielinica non appare più scura
## dell'assoplasma?
Nessuna risposta
## Domanda 26: Perché si presume che i recettori per i trasmettitori,
## ormoni, messaggeri, anticorpi, farmaci e tossine siano sulla
## superficie della membrana cellulare?
## Non si presume affatto. Alcuni recettori sono sulla superficie, altri no.
#La posizione dei recettori è stata *determinata* dalla sperimentazione,
#non assunta.
Quasi tutti lo sono - tranne gli steroidi. Perché non sembrano mai su di loro? (Q 21)
## Domanda 27: Quanto è valido l'uso di agonisti, antagonisti e
## ligandi per individuare i recettori, invece dei trasmettitori, ormoni, antigeni, farmaci e tossine stessi?
## Nella maggior parte dei casi, molto valido.
Perché non usare ach, adrenalina, noradrenalina, gaba o glutammato per cercare i recettori invece dei ligandi, *che sono diversi*?
## Domanda 28: Perché le dimensioni e il numero delle sinapsi
## diverse al microscopio ottico e al microscopio elettronico?
## La maggior parte delle sinapsi non può essere risolta con la microscopia ottica.
Quelli grandi visti alla luce (3-8 mu m) non sono *mai* visti da em - spiegatelo per favore.
## Domanda 29: Perché in letteratura non ci sono micrografie a luce
## che mostrano la connessione di un corpo cellulare da una fibra dendritica presinaptica a una sinapsi su un altro corpo cellulare?
## La maggior parte delle sinapsi non può essere risolta con la microscopia ottica.
Sono stati visti al microscopio ottico per 50 anni prima dell'em. Sto parlando di *fibre presinaptiche*.
## Domanda 30: La teoria chimica della trasmissione sinaptica
## contiene ipotesi non dimostrabili e non provate?
## No.
Un gran numero (Hillman 1991) Phys Chem Phys Med NMR 23, 177-198
## Domanda 31: Perché si presume che le prove derivate dagli esperimenti sulle giunzioni neuromuscolari siano rilevanti per la trasmissione
## nel sistema nervoso centrale?
## Chi fa tutte queste supposizioni? Alcune caratteristiche delle giunzioni neuromuscolari
#junctions sono simili alle sinapsi del SNC, altre no.
L'ipotesi di Katz riguardava le giunzioni neuromuscolari. Per favore, ditemi chi non lo fa, a parte me.
## Domanda 32: Come è possibile il movimento intracellulare, e perché
## la viscosità del citoplasma è così bassa nella cellula intatta, se c'è
## c'è un citoscheletro?
#Questa l'hai già chiesta.
Scusa
## Domanda 33: Se i pori nucleari permettono il passaggio dell'RNA, come fanno
## impediscono il passaggio di molecole più piccole e di ioni allo stesso tempo,
## e perché c'è una differenza di potenziale attraverso la membrana nucleare?
## Perché il passaggio non avviene per semplice diffusione.
1. Come fai a saperlo?
2. Gli ioni sono <1 nm, i pori larghi 20-120 nm
3. Puoi fermare la diffusione solo a 0 gradi K
## Domanda 34: Qual è la prova che ogni cellula di una particolare
## pianta o animale contiene la stessa quantità di DNA?
Nessuna risposta
## Domanda 35: Se la membrana cellulare è meccanicamente fluida, come possono le cellule
## mantenere la loro integrità?
#Anche il vetro è un fluido. Come fanno le finestre a mantenere la loro integrità?
Il vetro è meccanicamente un solido
## Domanda 36: Nell'immunocitochimica, si presume che i fissativi,
## reagenti disidratanti, lavaggi e anticorpi primari e secondari, non cambino la reazione dell'anticorpo all'antigene
## che si ritiene si trovi in una particolare cellula o parte di una cellula?
#No.
Tutti quelli che fanno immunocitochimica su sezioni istologiche fanno queste ipotesi.
## Domanda 37: È ragionevole credere che processi o dendriti
## contengano antigeni diversi dai corpi cellulari da cui
## nascono?
## Sì, ci sono molte prove della segregazione.
Non è ragionevole perché i processi nascono dalle some.
## Domanda 38: In quali condizioni le colture di tessuto possono essere usate nello
## studio dei tessuti da cui hanno avuto origine?
#Quando è stato stabilito che il fenomeno studiato in coltura
#fornisce intuizioni utili per la situazione in vivo.
Vedere la prossima risposta
## Domanda 39: È lecito supporre che la crescita dei tessuti in
## cultura non cambi la loro morfologia, biochimica o
## l'immuno-reattività?
#No, non lo è. La coltura dei tessuti cambia molti aspetti del fenotipo cellulare.
Gli ultimi 3 sono gli usi più comuni della cultura dei tessuti in neurobiologia.
## Domanda 40: L'uso del termine neuroglia non implica che gli
## autori non possono distinguere tra astrociti, oligodendrociti,
## e microglia?
## No.
Certo che sì.
## Domanda 41: Perché i singoli tipi di cellule neurogliali sono così
## raramente visti al microscopio ottico di sistemi nervosi centrali sani?
## Dipende dalla colorazione che si usa.
Ogni autore ha una visione diversa della specificità. Vedere le tabelle in Hillman (1986)
## Domanda 42: Dal momento che gli ultimi tre presunti tipi di cellule sono stati descritti
## dalle tecniche istologiche classiche durante la prima metà del
## ventesimo secolo, questo non implica che chiunque usi anticorpi per marcarli in modo specifico deve prima identificarli con
## questi criteri?
## No.
Certo che sì, a meno che non si cambi il significato della parola "neuroglia".
## Domanda 43: Perché non c'è un accordo comune sulle procedure di colorazione
## delle procedure di colorazione che dovrebbero identificare istologicamente astrociti, oligodendrociti e microglia?
## È vero?
Ho diverse tabelle di riferimenti che lo dimostrano (Hillman, 1986).
## Domanda 44: Perché è necessario usare colture di tessuti dei
## presunti tipi di cellule per identificarli e i loro marcatori?
## È vero?
La maggior parte dell'identificazione dei presunti tipi di cellule e dei loro marcatori avviene in coltura di tessuti.
## Domanda 45: Se ogni cellula di un organismo contiene lo stesso DNA,
## ma alcune producono proteine diverse, l'esistenza di
## geni soppressori è l'unica spiegazione possibile per la
## differenza delle proteine?
## No.
Sono d'accordo
## Domanda 46: Nelle malattie ritenute auto-immuni, sia
## organo-specifiche o tessuto-specifiche, perché il corpo non rigetta
## l'organo o il tessuto specifico, come rigetta i cuori
## cuore trapiantato, o il sangue del gruppo sbagliato, spesso
## rendendo i pazienti malati o addirittura uccidendoli?
##
## Domanda 47: Perché si usano proteine pure per la calibrazione, quando
## diversi tessuti contengono diverse miscele di proteine, che
## hanno curve di calibrazione diverse?
##
## Domanda 48: Perché le sinapsi viste al microscopio elettronico appaiono così
## molto più piccole di quelle viste al microscopio ottico?
##
## Queste domande sono state sollevate in pubblicazioni precedenti, e
## ci sono state poche risposte serie ad esse. Sento che è mio dovere,
## quindi, metterle su Internet, per stimolare i colleghi,
## soprattutto quelli giovani, ad affrontarle seriamente, o a spiegare perché
## non sono disposti a farlo. Se, come sospetto, ci saranno poche o
## poche o nessuna risposta a queste giuste domande, resteranno per le future
## generazioni future a dimostrare la loro integrità affrontandole, e
## forse come conseguenza, per cambiare i loro punti di vista. Ognuna di queste
## domande può essere citata e/o utilizzata nelle domande d'esame,
## preferibilmente con il riconoscimento della loro fonte. Risponderò a tutta
## corrispondenza finché sono fisicamente in grado di farlo.
## Quindi qual è il punto?
Vedi la risposta pubblicata su Usenet
Dr Harold Hillman
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Da Ian Musgrave Ph.D, Istituto Principe Henry di Ricerca Medica. Monash. Australia
Newsgroups: bionet.cellbiol,bionet.neuroscience
Subject: Re: una selezione di domande senza risposta
Date: Mar, 4 Jun 1996
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#G'Day All
##[NOTA: 1 giugno 1996: dall'invio dello scorso fine settimana, cinque risposte sono state
##ricevute, due (Ladasky di Stanford, Alex di ?Western Australia) non
## prendendo sul serio le domande; una da Paul S Brookes di Cambridge,
##lunga ma con risposte elementari; una risposta breve da Van Frank di
##MHAFC che esamina un paio di domande; e una risposta più ponderata
##da Cornelius Krasel di Wuerzburg.
#[snip]
#Potresti avere problemi ad ottenere risposte, dato che la maggior parte della tua lista di 48 domande ha già una risposta nella letteratura aperta. Poche persone spenderanno il loro tempo cercando di rispondere ad un sacco di domande le cui risposte possono essere trovate con un piccolo sforzo da parte di chi le pone.
##DOMANDE SENZA RISPOSTA IN BIOLOGIA.
#Come ho detto, alla maggior parte di queste è stata data una risposta. Se hai problemi con le risposte esistenti, dovresti affrontarle. Per evitare sprechi di banda. Ne affronterò brevemente alcune come illustrazione generale.
*[omelia snipped]
## Le seguenti domande non hanno mai avuto una risposta soddisfacente,
##severamente mai a tutte:-
#Allora indica quali non hanno mai avuto una risposta e quali non sono state
#satisfactorily annswered. Per quanto ne so, la maggior parte ha ricevuto una risposta
#abbastanza bene infatti.
A quali è stato risposto 'abbastanza bene'? Io sostengo *nessuno*.
#[grande snip]
##Questione 18: Come possono i trasportatori assistere il passaggio di ioni, aminoacidi,
## ecc. attraverso la membrana, quando la combinazione deve essere più grande della
## sostanza trasportata?
## Perché mai credi che questo sia un problema? Ci sono diverse buone
#reviews sulla struttura e la funzione dei trasportatori (la maggior parte relativa ai protoni
#trasportatori di protoni). Cerca qualche numero di Trends in Biochemical Sciences, che
#dovrebbe essere facilmente disponibile. Se hai problemi con queste teorie, quali
#sono?
Un trasportatore renderebbe una molecola o uno ione più grande, e quindi inibirebbe
passaggio attraverso la membrana.
##Questione 19: Perché sono stati isolati pochi o nessun trasportatore?
#Diversi trasportatori di protoni, cinque trasportatori di glucosio, due monoamine
#transporter (almeno). Questi sono quelli che conosco, e volutamente
#evito deliberatamente la letteratura sui trasportatori. Quanti ne vuoi?
Si tratta di ipotesi.
##Domanda 26: Perché si presume che i recettori per i trasmettitori,
## ormoni, messaggeri, anticorpi, farmaci e tossine siano sulla
## superficie della membrana cellulare?
#Non si presume, è stato dimostrato sperimentalmente usando diverse
#diverse tecniche (centrifugazione differenziale, autoradiografia, anticorpo
#localizzazione ecc.) per alcune classi di recettori (eptaelici, fattori di crescita
#ecc.) e ha anche dimostrato sperimentalmente che altri sono
#intracellulare (recettori dei retinoidi, recettori degli steroidi). Avete specifiche
#ragioni per cui queste tecniche, specialmente se usate in combinazione, dovrebbero essere
#misleading us.
State supponendo che la diffusione e quindi l'eventuale trasferimento non possa avvenire durante la centrifugazione, l'omogeneizzazione, la fissazione, l'embedding ecc.
##Domanda 27: Quanto è valido l'uso di agonisti, antagonisti e
## ligandi per rilevare i recettori, invece dei trasmettitori, ormoni, antigeni, farmaci e tossine stessi?
#Molto. Esiste un'ampia letteratura che convalida queste tecniche, e qualsiasi
#numero di libri di base "metodi in..." che delineano le teorie e i risultati.
#I recettori sono di solito "rilevati" usando un certo numero di ligandi, (questi ligandi
#di solito includono anche gli appropriati ormoni/neurotrasmettitori nativi), per
#essere certi della loro identità. Molti agonisti/antagonisti sintetici sono stati
#specificamente sintetizzati per essere specifici per un particolare recettore, quindi perché
vedi un problema nell'usarli per "rilevare" questi recettori in nuovi tessuti, esperimenti di #espressione genica ecc.
esperimenti di #espressione genica, ecc. Goodman e Gillman è un buon punto di partenza,
#seguito dalle pubblicazioni di T. Kennakins (vedere soprattutto le recensioni di fisiologia e
#farmacologia)
Perché non studiare i recettori ach usando ach, adrenalina, noradrenalina, gaba, glutammato, ecc, quando i ligandi non sono *non* i trasmettitori stessi?
#[resto dell'articolo snipped]
#Potrei rispondere in dettaglio a tutto quanto sopra, ma le informazioni sono
#già disponibile nella letteratura aperta (e il tempo è troppo breve). Ci sono
#molti altri esempi nella tua lista dove le risposte sono già note, quindi è
#difficile prendere sul serio l'intera lista. Se avete problemi specifici con i
#metodi/tecniche usate per dare le risposte di cui sopra, quali sono?
#Mettere in discussione le nostre ipotesi a intervalli regolari è salutare per la scienza. Ma
#postare un'enorme lista di domande "nessuno ha risposto a questo", quando hanno
#effettivamente è stata data una risposta, non è un modo per iniziare un dibattito utile.
Mi dispiace, dottor Musgrave, di non aver messo su Internet i quattro libri che ho pubblicato, e soprattutto che lei non li abbia letti. Per esempio, il frazionamento subcellulare implica *22* ipotesi ineludibili (Hillman, 1971)
#Cheers! Ian
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Paul Page Received: from anx1p2.wi.centuryinter.net by students.uwlax.edu
Thu, 6 Jun 96
Subject: Re: * DOMANDE SENZA RISPOSTA: RISPOSTA
[Torna all'inizio]
#Dr. Hillmanm,
# vorrei discutere un po' su alcune di queste idee proposte da lei.
##
## (a) tutti sono d'accordo che i movimenti intracellulari possono essere visti con
## microscopia ottica a bassa potenza nelle cellule viventi, ma la maggior parte delle persone
## credono che ci sia un citoscheletro, che non permetterebbe tali
## movimenti;
# Perché diresti che la presenza di un citoscheletro impedirebbe
## i movimenti intracellulari? La presenza di un citoscheletro sarebbe più probabile
#aumentare il movimento intracellulare soprattutto se si considera che il
#citoscheletro molto probabilmente non è un'entità statica, ma piuttosto una
#struttura.
##
## (b) Che le seguenti strutture non esistono nelle
## cellule: reticolo endoplasmatico, corpi di Golgi, lisosomi, pori nucleari,
## le criste mitocondriali, il citoscheletro, i filamenti di actina e le manopole sinaptiche,
## o perché non permetterebbero gli evidenti movimenti intracellulari,
## o perché disobbediscono alle leggi della solida
## geometria solida. Le molecole e i recettori transmembrana non possono essere visti sulle
## le membrane cellulari al microscopio elettronico a trasmissione, anche se
## il sequenziamento mostra che sono 2-3 volte il diametro della cellula
## membrana, che *può* essere vista al microscopio elettronico;
##
# Come puoi dire che le cose semplicemente esistendo nella cellula impedirebbero
## il movimento intracellulare o le leggi della geometria solida? Forse se tu chiarissi
#l'argomentazione che fai per ogni esempio, sarebbe più facile seguire la tua
#logica. Inoltre, perché consideri le leggi della geometria solida per questi
#organuli che non sono statici e non sono solidi? Non sarebbe più
#appropriato guardare questi oggetti usando un approccio di fluidodinamica?
#Paul.
Caro Paul Page,
Le particelle che si muovono sono 10-100 x il diametro dello spazio tra gli elementi del citoscheletro. Si prega di vedere Hillman e Sartory (1980) 'The Living Cell', Packard.
I pesci possono nuotare liberamente attraverso una rete da pesca? Si applica la geometria solida perché il citoscheletro è considerato una struttura. Per favore, rispondete alle mie domande, o scrivetemi per avere dei riferimenti a qualsiasi mia affermazione.
Harold Hillman.
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Anthony J. Pelletier, Ph.D.
The Scripps Research Institute, La Jolla, CA
Data: Ven, 07 Jun 1996
Subject: Re: * DOMANDE SENZA RISPOSTA: RISPOSTA *
Newsgroups: bionet.cellbiol,bionet.neuroscience
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## 1. La scortesia, i presupposti di ignoranza e le osservazioni emotive non sostituiscono
## sostituiscono l'argomentazione misurata e le prove.
## Sono d'accordo.
## Ognuna di queste domande mette in evidenza una contraddizione *all'interno* dei punti di vista attuali; per esempio,
## (a) tutti sono d'accordo che i movimenti intracellulari possono essere visti con
## microscopia ottica a bassa potenza nelle cellule viventi, eppure la maggior parte delle persone
## credono che ci sia un citoscheletro, che non permetterebbe tali
## movimenti;
#Non capisco la tua conclusione. Perché concludi che il
#citoscheletro interferirebbe con il movimento intracellulare? Da un lato
#da un lato, lei dice qui sotto che il citoscheletro non esiste. Ma lei sembra
#abbastanza sicuro delle sue proprietà. È necessariamente così che una rete di
#fibre sia refrattaria al movimento intracellulare? Personalmente, posso immaginare
#molti meccanismi in cui una tale rete, dato il motore appropriato
#sistema, potrebbe facilitare il movimento intracellulare. Quindi non è affatto
#ovvio che la presenza di movimento intracellulare sia incompatibile con un
#citoscheletro. È incoerente se e solo se il citoscheletro è una
#rete rigida la cui dimensione effettiva dei pori è più piccola delle molecole che
#devono diffondere attraverso di esso. Non ho visto alcuna prova di questo, e in effetti molte
#prove del contrario.
#Come analogia un po' forzata, le particelle della dimensione degli elettroni hanno
#poco problema a passare attraverso materiale apparentemente solido come il legno.
#Infatti, un rapido calcolo dei coefficienti di diffusione ti dice che una
#molecola delle dimensioni di una proteina non potrebbe diffondersi da un lato di una cella
#all'altro in un tempo ragionevole rispetto alla vita delle cellule.
#Inoltre, il movimento deve essere direzionale. Questo sembrerebbe rendere necessaria
#l'esistenza di una qualche struttura lungo la quale le molecole possano essere trasportate
#in modo attivo.
#Poi, ci sono i dati da considerare. Solo per sceglierne uno, come si fa a
#spiegare l'incorporazione di tubulina marcata con fluorescenza in quelli che
#come si spiega l'incorporazione di tubulina marcata con fluorescenza in quelli che sembrano essere filamenti nella cellula?
#microtubuli se non un citoscheletro?
#Ci vorrebbe troppo tempo per approfondire anche solo una piccola parte dei dati.
#Tuttavia, prendiamo le mie molecole preferite, le Integrine, che pensiamo
#violare due delle tue regole in quanto sono proteine transmembrana e che
#si associano con elementi del citoscheletro. Biochimica,
#immunofluorescenza e prove genetiche supportano tutte l'idea che queste
#proteine hanno una porzione fuori dalla membrana e una dentro, che la
#la regione interna si associa alle proteine che consideriamo parte del
#citoscheletro, e che queste associazioni sono necessarie per mantenere la cellula
#forma. Stai dicendo che tutti questi dati devono essere difettosi perché non
#non si adattano alla tua argomentazione di primo principio?
Perché secondo i citologi il citoplasma ha una spessa matassa di microtubuli, actina, spectrina, tubulina, vimantin, ecc. Questi si trovano nei tessuti morti, macchiati e disidratati. La soluzione salina disidratata contiene filamenti simili a quelli dei fiocchi di neve, ma l'H2O liquida non ha una rete. Le particelle in movimento sono 10-100 x i diametri dello spazio tra le fibre. Vedi Hillman e Sartory (1980) "The Living Cell". Il citoscheletro è un precipitato del citoplasma risultante dalla disidratazione durante la preparazione.
## (b) la maggior parte delle persone crede nella Seconda Legge della Termodinamica, eppure
## nel frazionamento subcellulare cambiano l'entropia dei loro sistemi
## (omogeneizzare e centrifugare), e assumono che questo non cambi l
## l'energia libera, che guida tutte le reazioni biochimiche che stanno
## studiano, e allo stesso tempo si sono rifiutati per cinquant'anni di
## fare gli esperimenti di controllo necessari per scoprire di quanto;
#Nessun biochimico degno di questo nome ci crede. Siamo tutti perfettamente consapevoli che
#rimuovendo gli enzimi dal loro ambiente si possono alterare grossolanamente le
#le reazioni, per molte ragioni che includono, ma non si limitano a quelle che tu
#cite. È per questo che usiamo tutti questi termini da sventola come "alta #concentrazione locale
#concentrazione" per rendere conto di un termine di entropia che non può quantificare.
#Per quanto riguarda i "controlli adeguati", ci proviamo.
L'uso del frazionamento s/c per trovare qualsiasi attività enzimatica *e la sua distribuzione s/c* implica 25 ipotesi separate, molte delle quali contrarie alle leggi della termodinamica. A meno che non si dimostri che queste assunzioni siano giustificate o che i loro effetti siano statisticamente insignificanti, qualsiasi risultato deve essere incerto. Hillman (1991) 'The Case for New Paradigms', Mellen Press, Lewiston.
## 3. Ho sempre proposto ipotesi alternative e testabili, non
## aperte alle critiche dei punti di vista attuali, per esempio, come localizzare le attività biochimiche senza distruggere i tessuti, la struttura della cellula vivente, la struttura cellulare del sistema nervoso centrale
## sistema nervoso centrale, il passaggio dell'eccitabilità da un neurone a
## un altro, ecc, ecc.
#Molti di noi cercano di fare questo. Quello che ha detto sopra non mi dà
#grande fiducia nei suoi metodi. Tuttavia, mi piacerebbe leggere come, per
#esempio, potremmo esaminare meglio la biochimica anche qualcosa di "semplice"
#come la glicolisi nella cellula.
Con l'uso di tecniche non distruttive, che ho elencato in H.H. (1991)
## 4. Le domande fondamentali che devo porre ai
## citologi sono:
## "Secondo quali criteri le domande sono improprie?
## Le tue domande non sono improprie. Possono supporre fatti non provati,
#o ignorare molte cose per le quali ci sono prove, ma non sono
#improprie.
#Nella scienza, l'unica volta che una domanda è impropria (come una domanda scientifica) è quando la persona
#domanda) è quando la persona che la pone non accetta la possibilità di
#essere sbagliato.
#Spero che tu riconosca almeno la possibilità formale che tu possa avere torto?
In tutte le mie pubblicazioni ho esaminato i miei presupposti.
## 'Tutti gli accademici hanno il dovere di affrontare le difficoltà e
## contraddizioni apparenti dei loro punti di vista?
## Certo. Questa è un'ovvietà
Mi fa piacere che siate d'accordo.
## Credono forse che si possa progredire senza esaminare
## i propri punti di vista?
## No, certo che no. Non quelli buoni. Esamina la possibilità
#che le tue opinioni siano sbagliate?
Sì, sempre.
## 'Non sarebbero d'accordo che un buon accademico dovrebbe rispondere a tutte
## queste domande in modo affermativo?
#bene...la tua prima domanda non era inquadrata in un formato si/no, la risposta
#alla seconda è "sì" e la risposta alla terza è "no".
#Per quanto riguarda il ricontrollare i risultati di altri, c'è un limite, praticamente, in
#quello che posso fare. Certamente non prendo le loro conclusioni senza un esame critico dei dati.
#esame critico dei dati. Ma non posso ripetere tutti i loro esperimenti.
#Ci sono molti articoli pubblicati che ho letto le cui conclusioni penso siano
#non supportate dai dati. Li considero quando progetto e interpreto i miei
#esperimenti.
#Una regola di base che avrò, se dobbiamo avere una discussione:
#non essere d'accordo con te non è lo stesso che non esaminare i dati in modo critico.
#Ok, quindi, posso esaminare i dati, guardare entrambi i lati della discussione, e ancora
#pensare che tu abbia torto, se questo risulta essere il caso, e la mia
#integrità scientifica è ancora intatta.
#--
#Anthony J. Pelletier, Ph.D.
Caro dottor Pelletier,
Lei ha il diritto di credere che io abbia torto, se ha letto le mie pubblicazioni. Sarei lieto di fornirle delle ristampe su punti particolari. Mi farebbe ancora più piacere se lei rispondesse alle 45 domande.
##Perché secondo i citologi il citoplasma ha una fitta matassa di
##microtubuli, actina, spectrina, tubulina, vimantin, ecc. Questi si trovano
##in tessuti morti, macchiati e disidratati. La soluzione salina disidratata contiene
##fili simili a quelli dei fiocchi di neve, ma l'H2O liquida non ha una
##rete. Le particelle in movimento sono 10-100 x i diametri dello spazio
##tra le fibre. Vedi Hillman e Sartory (1980) "The Living
##Cellula'. Il citoscheletro è un precipitato del citoplasma risultante
##dalla disidratazione durante la preparazione.
#Dovrò leggere il tuo lavoro per scoprire dove prendi la cifra "10-100X".
# Ma la misurazione in tempo reale della "microdiffusione" di particelle nelle cellule viventi
#suggerisce che alcune delle grandi particelle sono di fatto costrette per brevi
#periodi all'interno di "gabbie" di actina e si muovono da un posto all'altro solo quando lo
#scheletro di actina si riorganizza localmente per permetterlo. Trattamento con actina
#rimuove l'effetto "gabbia".
Conosce qualche micrografia elettronica che mostri mitocondri attaccati a qualche parte del citoscheletro in questo modo?
#Di seguito, mi chiedi di rispondere alle tue 45 domande. Perché non vuoi rispondere a una delle
#mio? Le ho chiesto come spiega la visualizzazione dei microtubuli nelle
#cellule viventi*.
# Comprendo la sua preoccupazione per gli artefatti da fissazione...tutti siamo preoccupati
#con loro. Questo è il motivo per cui sono stati impiegati metodi alternativi.
#Quindi, si può microiniettare tubulina fluorescente, aspettare un po' che la cellula
#recuperare, fare tutti i controlli corretti per mostrare che, dopo la
#microiniezione, le cellule continuano a vivere, crescere, dividersi ecc.
#visualizzare, direttamente, i microtubuli nella cellula viva. Inoltre, poiché
#il colorante fluorescente si fotodecolora, è possibile sbiancare il colorante in una definita
#e seguire l'incorporazione di nuova tubulina nella rete.
#Cellula vivente... non artefatto da disidratazione. Spiegare per favore?
Sarei grato per i riferimenti in merito. Tuttavia, i microtubuli che possono essere risolti con la microscopia ottica (200-250 nm) hanno un diametro 10 volte superiore a quelli visti dagli elettroni (<25 nm), quindi non potrebbero essere gli stessi.
#Inoltre, considera le mutazioni nei geni che codificano le proteine del
#citoscheletro. Gli effetti sulla morfologia cellulare sono quelli previsti dalla
#modello. Come fa il tuo modello a spiegare gli effetti delle mutazioni alle
#proteine citoscheletriche sulla forma delle cellule, la motilità ecc. Anzi, come fa il vostro
#come rende conto il suo modello della forma e della motilità delle cellule?
##Caro dottor Pelletier,
##lei ha il diritto di credere che io abbia torto, se ha letto le mie
##pubblicazioni. Sarei lieto di fornirle delle ristampe su
##punti particolari.
#Mi mandi pure tutte le ristampe che ritiene opportune.
##Sarei ancora più contento se rispondesse alle
##45 domande.
#Non per essere scortese, ma non hai ancora fatto una domanda che trovo convincente.
#Perché le tue ristampe mi aiuteranno in questo. E, nei casi in cui ho
#hanno tentato di rispondere alle sue domande con dei dati, lei li ha ignorati.
Non è necessario trovarle convincenti. Sono domande ragionevoli a cui tu - come insegnante - dovresti avere delle risposte.
Dr. Hillman,
Ho ricevuto i suoi reprint, grazie.
Ho una scadenza di sovvenzione che sto affrontando al momento, e probabilmente non li leggerò per una settimana o due. Ma volevo dirle che ho intenzione di farlo alla prima occasione. Inoltre, spero che questo sia un indirizzo e-mail ragionevole per te. Ho notato che l'account su cui stai postando è cambiato.
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Da: Jorg Kirberg
Oggetto: Re: *domande senza risposta H Hillman
Data: Mer, 03 Jul 1996
Organizzazione: nki. [Un istituto olandese?]
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# Risposta di Harold Hillman alle risposte a 47 'Domande senza risposta'.
# in biologia". 2 luglio 1996# 5. Non è stata avanzata alcuna ragione per cui le malattie auto-immuni non
# rigettano le articolazioni, i nervi, il cervello, ecc. come sangue incompatibile o trans-
# le piante verrebbero rigettate se trasfuse o trapiantate.Caro Harold,
Beh, forse si potrebbe pensare alla possibilità che una reazione autoimmune non sia come il rigetto di un trapianto - e perché dovrebbe? (comunque, come detto prima - e non so perché lo ignori se non quando presumi di voler essere ignorante - nel diabete ad esordio giovane (IDDM) il sistema immunitario distrugge effettivamente quelle cellule che secernono insulina. Non vedi il rigetto qui ?)
Ci sono esempi tremendi in cui la risposta del sistema immunitario finisce in una sorta di infiammazione cronica. E potrebbe essere così semplice che (alcune forme di) autoimmunità sono un riflesso di una tale forma di immunità che non è adeguatamente diretta verso gli autocostituenti.
In ogni caso, come si può affrontare un tale problema in modo così semplificato quando in realtà nessuno sa perché si verifica l'autoimmunità? Il dilemma è che si deve ancora scoprire cosa sia l'autoimmunità - ed è abbastanza chiaro che non riflette una normale infezione che viene curata (mentre i trapianti che vengono rifiutati apparentemente seguono tali regole normali).
jorg kirberg@nki.nl
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Rae West 17 aprile 2000. .